まず、RT-PCRのプライマーはqPCRのものと同一のものなのでしょうか?
違うプライマーを使っている場合、一般的にRT-PCRの方が長い領域を増幅させることが多いので、PCRがかかりにくいことが多いです。
これは、感度云々の話ではなく、PCRの条件が悪いだけです。
そもそも、RT-PCRはバンドが出るサイクル数でやっているはずで、バンドが出なければ40サイクルくらいまではサイクル数を増やすでしょうから、感度としてはqPCRとそれほど違わないはずです。
同じプライマーを用いているのにqPCRだけでシグナルがでない、という場合ですが、そのシグナルは非特異的な産物もしくはプライマーダイマーである可能性があります。
degeneration curveを見れば産物の特異性はある程度わかりますが、見ていますか? |
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