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PCRでのホットスタートについて トピック削除
No.590-TOPIC - 2011/06/28 (火) 21:08:42 - recombinant
PCRのホットスタートについて質問です。

PCRを行う時、温度が上昇した時点で反応チューブをサーマルサイクラーにセットし、PCRを行っています。

新しく作製したコンストラクトが構築できたかを確認するため、PCRを行い反応させ、電気泳動しました。すると、非特異的なバンドが4本ぐらい出現し、きたないバンドパターンになりました。また、目的のバンドは薄い感じでした。

チューブをセットするさい、間違えてしまい、10秒ほどさしてから、急いでon ice しました。この操作の間に非特異的な反応が起きてしまったのでしょうか?それとも単に反応条件が悪かったのでしょうか?またやり直すつもりですが、on iceしていたチューブを10秒ほどサーマルサイクラーにセットで非特異的に反応するのか気になり、質問させていただきました。
 
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昨日と違って短めに回答 削除/引用
No.590-3 - 2011/06/29 (水) 09:09:25 - ~
キャピラリーPCRのサイクル条件(のうち時間が短いもの)を調べてみてはいかがでしょうか。

PCRでのホットスタートについて 削除/引用
No.590-1 - 2011/06/28 (火) 21:08:42 - recombinant
PCRのホットスタートについて質問です。

PCRを行う時、温度が上昇した時点で反応チューブをサーマルサイクラーにセットし、PCRを行っています。

新しく作製したコンストラクトが構築できたかを確認するため、PCRを行い反応させ、電気泳動しました。すると、非特異的なバンドが4本ぐらい出現し、きたないバンドパターンになりました。また、目的のバンドは薄い感じでした。

チューブをセットするさい、間違えてしまい、10秒ほどさしてから、急いでon ice しました。この操作の間に非特異的な反応が起きてしまったのでしょうか?それとも単に反応条件が悪かったのでしょうか?またやり直すつもりですが、on iceしていたチューブを10秒ほどサーマルサイクラーにセットで非特異的に反応するのか気になり、質問させていただきました。

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