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pI12「ヒストンH3」を2次元泳動するには トピック削除
No.566-TOPIC - 2011/06/23 (木) 16:17:28 - K
たんぱく質の分析初心者の学部生です。

ヒストンH3の分析で2次元電気泳動をしようと考えて
いるのですが、1次元目に使うIPGストリップ(bio-rad)が
pHレンジ3-10しかなく困っています。

H3はpIが11.8であるので今持っているストリップでは
分析できないようなのです。他に良い製品や
良い方法を知っている方がおられたら教えてください。
 
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(無題) 削除/引用
No.566-3 - 2011/06/29 (水) 17:42:18 - K
詳しい回答ありがとうございます。
酸性尿素ゲル2次元電気泳動法を
使って分析してみようと思っています。

以前研究室で行っていたらしいのですが、
今はだれもプロトコールを持っている人が
いません。

一応検索した論文を和訳してみて、
なんとなく理解できたのですが、
わかりやすいプロトコールが書かれたホームページなど
お知りでしたらお教えください。

(無題) 削除/引用
No.566-2 - 2011/06/25 (土) 16:26:21 - 名無し
ヒストンやリボゾームタンパク質の効果的な分離分析には酸性尿素ゲル2次元電気泳動法8acid-urea polyacrylamide gel electrophoresis)が使われます。(これら強塩基性タンパク質には一般的な1次元目IEF-2次元目SDS-PAGEの2次元電気泳動は適しません。) この方法自体は昔からある、生化学領域ではかなり基礎的な手法なので、その方面のひとが周りにいれば聞いてみてください。1次元目の酸性尿素ゲル(注:等電点電気泳動ではありません)は自分で作るので、比較的簡単なゲルストリップIEFに慣れているひとだとちょっとウザく感じるかもしれませんが、2次元目は普通のSDS-PAGEですし、確立した方法なので、少し慣れてくれば安定した結果が出せます。また上手にやればかなり細かいところまできれいに分離できます。1次元目の泳動は酢酸溶液を用います。またゲル組成とかで結構いろんなバリエションがありますがどれでやってもあまり違いはないです。

旧来のキャピラリー型の等電点泳動装置があるといいのですが、もしなければ1次元目を通常のスラブゲルでやってそのあとレーンを細い短冊みたいに切ってそれを2次元目のゲルの上端にのせアガロースで固定してもできます。アガロースを使わずに歯形に切ったコームで固定する方がいいという話もあります。

pI12「ヒストンH3」を2次元泳動するには 削除/引用
No.566-1 - 2011/06/23 (木) 16:17:28 - K
たんぱく質の分析初心者の学部生です。

ヒストンH3の分析で2次元電気泳動をしようと考えて
いるのですが、1次元目に使うIPGストリップ(bio-rad)が
pHレンジ3-10しかなく困っています。

H3はpIが11.8であるので今持っているストリップでは
分析できないようなのです。他に良い製品や
良い方法を知っている方がおられたら教えてください。

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