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制限酵素処理後の精製について
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No.564-TOPIC - 2011/06/23 (木) 09:08:47 -
コンタミ
お世話になっています。
現在、54 bpの核酸を制限酵素処理し、精製キットを用いて精製しようとしています。キットはRocheのHigh Pure PCR Cleanup Micro Kit(50 bp~5 kbpの核酸に最適)を用いており、このキットを用いて3度試した結果、精製後にバンドが認められませんでした。精製前の濃度としては50 ng/uLでした。エタ沈も考慮していますが、教授の意向で低bp核酸に適した精製キットを探しています。何か適したキットや他の案などありましたら、教えて頂ければ幸いです。宜しくお願い致します。
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No.564-4 - 2011/06/23 (木) 18:33:42 -
310
50bp前後の精製にMermaid kitを使っています。MPbioという会社ですが、私は米国にいるため、日本の取扱店は分かりません、しかし18年程前に日本でも同じキットの名前を聞いているため、入手は可能と思います。
ちなみに溶液のひとつが、蓋の閉めが甘かったためか、少しもれ、殆ど蒸発してやってきました。ほぼ目分量で析出した塩を溶かしてアルコールを加え使っています。そのためかどうか分かりませんが、回収率は5-6割程度です。
(無題)
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No.564-3 - 2011/06/23 (木) 16:47:25 - 774
shRNAとかですかね?
目的はさておき、制限酵素処理した後にフェノクロ・エタ沈してライゲーションしてしまえばいいんじゃないでしょうか?
DNA濃度は気にしなくても何とかなる気がします。
インサートの方は少々切れ残りがあってもそんなに問題にならないでしょうし。
(無題)
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No.564-2 - 2011/06/23 (木) 10:46:20 - ops
54 bpのDNAを制限酵素処理した後に、なにかベクターに入れたいだけでしたら、
末端が制限酵素処理後の配列になるようにDNAオリゴを設計し、DNA合成は外注して、
アニーリングさせて、リン酸化して、ライゲーションでしょうか。
(得られたプラスミドの、シークエンス確認は必須ですが。)
私でしたら、途中で分けて、合計4つのオリゴで作りますかね。
何度がこのフォーラムでも出てきているとは思います。。
制限酵素処理後の精製について
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No.564-1 - 2011/06/23 (木) 09:08:47 -
コンタミ
お世話になっています。
現在、54 bpの核酸を制限酵素処理し、精製キットを用いて精製しようとしています。キットはRocheのHigh Pure PCR Cleanup Micro Kit(50 bp~5 kbpの核酸に最適)を用いており、このキットを用いて3度試した結果、精製後にバンドが認められませんでした。精製前の濃度としては50 ng/uLでした。エタ沈も考慮していますが、教授の意向で低bp核酸に適した精製キットを探しています。何か適したキットや他の案などありましたら、教えて頂ければ幸いです。宜しくお願い致します。
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