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TAクローニング トピック削除
No.563-TOPIC - 2011/06/23 (木) 09:05:28 - fire
KOD系のAが付加されない酵素でPCRをした後に、エタ沈で精製、
それをテンプレートにTakaraのExTaqでを入れないで72℃、10分インキュベートすれば
TAクローニングできるときいたのですが本当なのでしょうか?
自分でやっていますが、ほとんど成功しないので
 
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No.563-7 - 2011/06/23 (木) 19:33:45 - 774
KODでPCR

反応終了後、その反応チューブに直接ExTaqを1/50vol入れる

72℃10分

ゲル抽

TAクローニング

効率落ちるけどまぁまぁいける。

(無題) 削除/引用
No.563-6 - 2011/06/23 (木) 11:29:26 - isu
KODの取説にはフェノクロ→エタ沈とありますね。

また、TOYOBOのA-attachment Mixを使ったことがありますが
1ステップでKODの不活化とA付加ができて便利でした。
やや高価ですが。

(無題) 削除/引用
No.563-5 - 2011/06/23 (木) 10:45:01 - AP
蛇足ですが、各種酵素の失活条件(熱処理、EtOH ppt、PheOH抽出など)は、酵素カタログの付録等が参考になります。

(無題) 削除/引用
No.563-4 - 2011/06/23 (木) 10:37:21 - AP
ごく普通の手技ですが、うまくいかない原因の可能性としては、

>KOD系のAが付加されない酵素でPCRをした後に、エタ沈で精製、

EtOH pptではPCR用酵素は失活せずキャリーオーバーして、一塩基付加された3'突出末端を再び平滑化してしまいます。失敗せずにやりたいならPheOH抽出など、除タンパク質操作をかませるべきです。

(無題) 削除/引用
No.563-3 - 2011/06/23 (木) 10:22:01 - fire
間違いです、すみません。
dNTPs、Mg、テンプレート、Taqは入れます。

(無題) 削除/引用
No.563-2 - 2011/06/23 (木) 09:36:43 - ~
>ExTaqでを入れないで
多分単語が抜けていると思いますが、何を入れないのでしょうか。

DNA polymeraseを入れますよ。
dNTPs(またはdATP)を入れますよ。
バッファーを入れますよ。
Aを付加したいDNAフラグメントも入れますよ。

エタ沈後に何かが残存していて、それで足りるものがあるのかもしれませんが、系を不安定にしてまで省略する必要はないでしょう。

TAクローニング 削除/引用
No.563-1 - 2011/06/23 (木) 09:05:28 - fire
KOD系のAが付加されない酵素でPCRをした後に、エタ沈で精製、
それをテンプレートにTakaraのExTaqでを入れないで72℃、10分インキュベートすれば
TAクローニングできるときいたのですが本当なのでしょうか?
自分でやっていますが、ほとんど成功しないので

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