BioTechnicalフォーラム [full length cDNA とは]

full length cDNA とは

No.539-TOPIC - 2011/06/15 (水) 22:08:29 - 初心者

ちょっと教えてください。
ある遺伝子の、full length cDNA というと、mRNA の全長(？)ということでしょうか。

それとも、その遺伝子の、coding sequenceを全部カバーしています、という意味でしょうか？

論文には、full length cDNAと書いてあって、その研究室から発現ベクターもらったのですが、制限酵素で切ると、なぜか長さが短い。

coding sequence全部カバーしているだけだとすると、全然矛盾ないのですが。
　

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No.539-9 - 2011/06/24 (金) 23:20:59 - Harmonia

それ以前の問題で、refseq が何かを知らない人が多すぎる。

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No.539-8 - 2011/06/22 (水) 22:02:10 - ンンノ

余談ですが、refseqの配列がfull length のmRNAだと思い込んでる人がいるかも知れませんね。

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No.539-7 - 2011/06/22 (水) 05:03:07 - 310

分かっている5'配列が時とともに増えることがあります。この場合分かる限りの長さのcDNAを使ったと文献に書く人、さらりとfull-lengthと書く人と様々です。文献、データベースの配列はなるべく新しいものを使い、もらったプラスミドが現時点で、どのように表現すれば良いか、考えれば大丈夫です。新しく見つかった5’配列の中に、同一フレームのATGが出て新しいアイソフォームを形成することもあるので、良く調べてからお使いになるのが良いと思います。

(無題)

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No.539-6 - 2011/06/17 (金) 23:09:28 - Actias

発現させて使うんだから、コーディングが丸ごと入っていればFull Length という人がいる一方、転写の１番目から最後までを、要するにmRNAの全長を反映したcDNAをFull Lengthと呼ぶ人もいるし、オリゴキャップ法で作ったライブラリーをFull Length と呼ぶ人もいる。

前２者は、一つの遺伝子に注目して言っているので紛れが無いけど、後者は、中には前２者のどちらでもないものが含まれている。業者でfull length cDNA と呼んでいるもののなかには、そのような「製法」のクローンが含まれている。Full Length ではなく、Full Length Enriched といい直している場合もあるけど。
配列が入手できるなら、金を払う前に確認したほうがいい。

(無題)

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No.539-5 - 2011/06/16 (木) 17:45:51 - ~

>なぜか長さが短い。
これは何と比較しての話でしょうか？
貰う場合は、配列情報を貰っておいたほうがいいですよ。

>発現させてみようと思います。
前述と矛盾していますが、分与してもらった中身が言われた物と違う場合もありますので、
外注などでコストが大きい場合でなければ、配列を読んでおくことをお勧めします。

中身が違うために貰いなおしたのに、そちらも違うもので（先輩が）頭を抱えたことがあります。

(無題)

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No.539-4 - 2011/06/16 (木) 16:26:39 - 774

欠失変異体と比較している場合、全coding regionを含んでいればfull lengthと表記すると思います。

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No.539-3 - 2011/06/16 (木) 12:45:05 - 初心者

FLさんありがとうございます。
安心しました。

もらった研究室に問い合わせる前に、
発現させてみようと思います。

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No.539-2 - 2011/06/16 (木) 10:29:24 - FL

おそらく、業者でfull length cDNAと呼ばれているものはpolyAから逆転写して全長（少なくともＡＴＧまでは）を含んでいるものだと思います。

ただ研究室で発現用に作成した場合は、人によってはcoding regionを全長含んでいれば、full lengthと呼ぶ人もいると思います。