Bio Technical フォーラム

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わざわざありがとうございます。 削除/引用
No.493-6 - 2011/06/08 (水) 18:15:43 - しぐれ
色々調べてみます。

4000bpな上に、バンドもあんまり濃く出ないのでもっとレーン数を増やしてみたいと思います。

わざわざありがとうございます。 削除/引用
No.493-5 - 2011/06/08 (水) 18:13:56 - しぐれ
ンンノさま>

PCR産物をEtOH後、ナノドロップで測定し、600ng/μLだったものを5μL入れたので約3μLとしました。

4000bpのフラグメントをシークエンスして目的の配列と一致する配列がありました。短い配列が多くて増幅効率が悪いので、切り出すことにしました。

短波長のUVは当てていないのですが、やはりテクニックがないからなのでしょうか?

(無題) 削除/引用
No.493-4 - 2011/06/08 (水) 18:06:00 - ンンノ
部分消化してからのカセットPCRって不可能ではないけど、初心者にはちょっと
ハードルが高いかなと思います。

ちょっと基本的なところの確認ですが。

>1レーン辺り3μg

これはどうやって定量しましたか?

4000bpのフラグメントが目的の配列を含んでいるかどうかをどうやって
確認しましたか?

それから、ゲルの切り出しの時に短波長のUVを当てたりしてませんか?

(無題) 削除/引用
No.493-2 - 2011/06/08 (水) 17:35:18 - さく
同じような質問をたまに見かけるので、検索してみてはいかがでしょうか。

下記、お使いのキットを使ったことはありませんので参考程度に。
一般的には、切り出し時にUVを極力当てない、1キットに許容出来る以上のゲルを入れないということは、非常に重要な注意点としてよく言われます。

UVに関しては、取れてない現状を鑑みれば、UV照射して確認する為だけのレーンを作って、切り出すレーンを別にする位のことはやるべきだと思います。

ゲル抽出は(キットに依るのかもしれませんが)物のサイズが大きくなればなるほど回収率は下がると考えています。もっとレーンを増やしても良いのかもしれません。

ゲル抽出について教えてください。 削除/引用
No.493-1 - 2011/06/08 (水) 16:40:25 - しぐれ
現在、XbaTで部分分解し、in vitro cloning kitで増幅した4000bpのPCR産物をゲルから切り出したいのですが、うまく行きません。

欲しいのは4000bpの部分なのですが、その下からスメアーになっていて200bp位の所にバンドが2本出ています。前回、TAクローニングについてこちらで質問させて頂いた時にアドバイスを頂いて余計なものを入れない方が良いと教えていた頂いたので、キアゲンのゲル抽出キットとタカラのSUPRECでやってみたのですがどうにも上手くいきません。

1レーン辺り3μg 流して、3レーン分(9μg)←0.1gをキアゲンで、残りの2レーン分(6μg)をSUPRECでプロトコールに抽出しましたが、確認の泳動ではバンドは確認できませんでした。

1レーンあたりどれくらい流せばいいのか、ゲルからの切り出しや気をつけたりしなければならないことを教えてください。
使ったことのある方でしている工夫なども教えてください

よろしくお願いします。

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