プライマーのTmは単なる目安で厳密にそれからPCRの温度を設定する必要はありません。プラスミドなど比較的テンプレートの複雑度が低い時はとくに不特異の増幅も少なくなる傾向にあると思います。まあPCRかけてみればいいかと思います。タッチダウンを使うと気分的には解決しやすいと思います。アニーリング温度を高い方から、サイクル数に伴い徐々に下げていく方法です。
どうしてもという場合はネストで2段階で伸ばしていくという方法も取れますし、HISTAAの部分をオリゴで二本鎖をつくって3ピースでPCR産物とともに挿入するか、段階的に挿入してもいいかもしれません。
ストップの前に使える制限酵素があるかもという指摘ですのでそれだとPCRすら必要ないですね。 |
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