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purine-rich exonic splicing enhancers (ESEs) について トピック削除
No.465-TOPIC - 2011/05/30 (月) 21:53:35 - taru
 いつもお世話になっております。

今回、ESEsが存在する遺伝子というselectionを行いたいと考えています。

そこで、大量の遺伝子からESEsが存在するのかどうかプログラムで予測したいのですが、どなたか良い方法を教えていただけないでしょうか?
 
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(無題) 削除/引用
No.465-4 - 2011/05/31 (火) 14:20:22 - おお
//www.umd.be/HSF/
//regrna.mbc.nctu.edu.tw/php/browse.php?ShowType=3
//www.cbcb.umd.edu/software/SeeEse/
//rulai.cshl.edu/cgi-bin/tools/ESE3/esefinder.cgi?process=home

http:をおぎなってください。

(無題) 削除/引用
No.465-3 - 2011/05/31 (火) 13:16:13 - taru
論文調べてみます。

単独の検索をおこなうソフトは、http://linux1.softberry.com/berry.phtml?topic=index&group=programs&subgroup=promoter
にありますか?

具体的に教えていただきたいです。

(無題) 削除/引用
No.465-2 - 2011/05/31 (火) 00:34:17 - おお
理研のヒトがそういうのをゲノムからスキャンしてエクソンを予測するというのをやってましたよ。文献が出てるんじゃないでしょうか。
あと単独の配列ならWEBツールで予測してくれる物がありますのでそこで手法をチェックすると良いと思います。

purine-rich exonic splicing enhancers (ESEs) について 削除/引用
No.465-1 - 2011/05/30 (月) 21:53:35 - taru
 いつもお世話になっております。

今回、ESEsが存在する遺伝子というselectionを行いたいと考えています。

そこで、大量の遺伝子からESEsが存在するのかどうかプログラムで予測したいのですが、どなたか良い方法を教えていただけないでしょうか?

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