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(無題) 削除/引用 No.450-4 - 2011/05/29 (日) 16:51:26 - CMVV 他の方が言われてるように電圧を下げてやるのが一つの手ですが、それが心配、ということであれば、50％メタノールにつけるという古典的なトリックも可能です。ゲルが縮むのでマトリクスからDNAが逃げにくくなります。この状態で、DNAでもタンパクでも割と長い期間保存できます。そのあとで水に置き換えればすぐに延びます。DNAを染めるのならば、水に戻した方が良いのかな。この後は普通に操作できます。もっとも、600bpくらいなら、DNAは4度でおいておけばそれほど拡散しないとは思います。ぼんやりはなるかもしれないですが。

(無題) 削除/引用 No.450-3 - 2011/05/27 (金) 21:55:24 - 小言幸兵衛 質問に対する直接の答えではありませんが、１時間掛けて泳動し、その後16時間放置するのと、17時間掛けて泳動するのとでは、バンドの拡散の度合いはほとんど同じはずです。「ほとんど」というのは高電圧で泳動することによりゲルの温度が上がって、DNAが拡散しやすくなるという効果がゼロではないからです。その効果を無視できる条件なら、ゲル中でのDNA分子の運動は、電場方向に起こる泳動と、ランダムに起こる拡散との線形結合で表されるはずなので。

(無題) 削除/引用 No.450-2 - 2011/05/27 (金) 00:44:57 - pa 普通のPCR産物の泳動であれば、電気泳動終了後、オーバーナイト程度の放置ではほとんどバンドは拡散しません。 DGGEですと、バンドがかなり多く密に検出されるでしょうから、少しも拡散させたくないのかもしれません。一般に低電流、定電圧での電気泳動では、バンドパターンが綺麗になります。DGGEの目的にも適いますから、翌朝にちょうど電気泳動が終わるような条件を探すのが良さそうです。

アクリルアミドゲル中のDNAは時間がたったら拡散するか？ 削除/引用 No.450-1 - 2011/05/26 (木) 23:19:49 - DMR いつも興味深く拝見しております。 掲題の件についてご意見お聞かせください。 現在、PCR-DGGE法というメタゲノム解析を行っております。 土壌等から採取した16sDNAをGC含量により、変性アクリルアミドゲル内で分離するといった方法です。 最終的にはゲルを切りだして、シーケンシングして網羅的に微生物群集の解析を行っております。 朝から仕込みだして18時くらいに泳動が終わるのですが、網羅的に解析するとなると回収するバンドがゆうに１００を超え、1日ではとても終わりません。 当方、サラリーマンゆえあまり残業ができず、力技で終わらせることもなかなか困難です。 そこで、泳動後のゲルを何らかの方法で保管出来ればありがたいのですが、そのような方法を御存知ありませんでしょうか。 ゲルを手頃なバッファーに浸漬して翌日解析、というような方法が取れればいいのですが、SDS-PAGEですら固定の操作があるので、DNAではあっという間に拡散してしまいそうな印象があります。 条件としては以下のとおりです。 ・600bp程度のDNAが拡散しないこと。 ・シーケンシング等の操作に影響を及ぼさない。 ・オーバーナイト程度の期間、保存出来れば良い。 そんな方法などない！！ということであれば、オーバーナイトで泳動できる条件を模索しますが、いかんせん夜間に泳動しっぱなしというのも若干の不安が残ります。他に良い方法があればぜひご教授ください。

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