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塩基配列について トピック削除
No.437-TOPIC - 2011/05/24 (火) 22:49:43 - kenji
プライマー作成のために、
Tagの正しい塩基配列(FlagやV5、その他いろいろ)を調べたいのですが
うまく調べることができません。
どうやって(どのサイトで)調べたらよいのでしょう?

初歩的な質問ですみませんが、宜しくお願い致します。
 
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(無題) 削除/引用
No.437-7 - 2011/05/25 (水) 23:22:03 - Nirenberg
遺伝コードに従ってアミノ酸→RNA→DNAコードと逆翻訳すればよい。正解は多数ある。

(無題) 削除/引用
No.437-6 - 2011/05/25 (水) 23:08:41 - 774
繰り返しになりますが、メーカーからタグ付きの発現ベクターが販売されています。
そのベクターの塩基配列のデータがメーカーのサイトから拾えますので、
タグの部分の配列をコピペすればいいんじゃないでしょうか?

投稿者です 削除/引用
No.437-5 - 2011/05/25 (水) 22:45:29 - kenji
おっしゃる通り、タグつきタンパク質を発現するためのコンストラクトを作るために、タグをコードする塩基配列を付加したPCRプライマーを作ろうとしているのです。
どこで調べたらよいのでしょう?

また、APさんのおっしゃる、
「発現させる生物種のコドン頻度など勘案して決めればいいでしょう。」
とはどういうことでしょうか?

初歩的で申し訳ありません。

(無題) 削除/引用
No.437-4 - 2011/05/25 (水) 18:22:26 - AP
それともタグつきタンパク質を発現するためのコンストラクトを作るために、タグをコードする塩基配列を付加したPCRプライマーを作ろうとしているのでしょうか。
つまりTagの正しい「塩基配列」というよりか、「アミノ酸配列」?
でしたら、Molecular Cloning 3版のappendixに一覧表があったはず。
この場合、相当する塩基配列は何通りか可能ですが、発現させる生物種のコドン頻度など勘案して決めればいいでしょう。

(無題) 削除/引用
No.437-3 - 2011/05/25 (水) 14:38:48 - おお
手元にテンプレートにするプラスミドがあるんですよね。それはどこのメーカーですか?もしそのベクターのタグを利用して作ったならその配列をメーカーから得るのが普通ではないですか?

もしそういうベクターから切り出してほかのベクターにタグごとごっそり移したのであれば、そのオリジナルのプラスミドを当たることになりますよね。

そういうことではないのでしょうか?

(無題) 削除/引用
No.437-2 - 2011/05/25 (水) 07:23:53 - 774
Tag付き発現ベクターの塩基配列をダウンロードする。

塩基配列について 削除/引用
No.437-1 - 2011/05/24 (火) 22:49:43 - kenji
プライマー作成のために、
Tagの正しい塩基配列(FlagやV5、その他いろいろ)を調べたいのですが
うまく調べることができません。
どうやって(どのサイトで)調べたらよいのでしょう?

初歩的な質問ですみませんが、宜しくお願い致します。

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