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クロスリンカー(タンパク質-DNA間) トピック削除
No.421-TOPIC - 2011/05/21 (土) 17:43:12 - kao
お世話になります。

現在、DNAに対して配列非特異的に結合をするタンパク質を扱っています。
構造解析などを行いたいので、どうにかして特異的な結合をさせたいのですが、よい方法はないでしょうか?
(非特異的な結合だとおそらくタンパク質-DNA複合体が固定されずずれたりして動いてしまうのではないかと思っています。)

タンパク質とDNAの間をクロスリンクすることを考えています。
しかし、その際、どこにでも結合するのではなく、特定の箇所のみ結合するようにしたいのですがよい方法を知っている方はいないでしょうか?

DNAに特異的な修飾をしたりして、それに反応するようなクロスリンカーなどがあるのか探しています。

また、同様な複合体の構造解析の経験などがある方がいましたらアドバイスをいただけると幸いです。

どうぞよろしくお願いします。
 
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(無題) 削除/引用
No.421-3 - 2011/05/22 (日) 09:16:51 - おお
配列特異的結合をするののなぜ非特異が気になるのでしょうか?特異的な結合の条件さえあれば何とかなるようなきがしますけど。

DNAはダブルストランドですか、一本鎖ですか?

(無題) 削除/引用
No.421-2 - 2011/05/22 (日) 03:50:58 - ats
専門でないので的を外しているかも知れませんが、
結合に最小限必要な二本鎖DNA(合成)を使うのはいかがでしょうか。ヘアピン型DNAも良いかも。。
またクロスリンカーについて、DNA protein crosslinkerで検索すると以下の論文がありましたが参考になるかも?
http://dx.doi.org/10.1021/pr1000835

クロスリンカー(タンパク質-DNA間) 削除/引用
No.421-1 - 2011/05/21 (土) 17:43:12 - kao
お世話になります。

現在、DNAに対して配列非特異的に結合をするタンパク質を扱っています。
構造解析などを行いたいので、どうにかして特異的な結合をさせたいのですが、よい方法はないでしょうか?
(非特異的な結合だとおそらくタンパク質-DNA複合体が固定されずずれたりして動いてしまうのではないかと思っています。)

タンパク質とDNAの間をクロスリンクすることを考えています。
しかし、その際、どこにでも結合するのではなく、特定の箇所のみ結合するようにしたいのですがよい方法を知っている方はいないでしょうか?

DNAに特異的な修飾をしたりして、それに反応するようなクロスリンカーなどがあるのか探しています。

また、同様な複合体の構造解析の経験などがある方がいましたらアドバイスをいただけると幸いです。

どうぞよろしくお願いします。

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