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(無題) 削除/引用 No.4-2 - 2011/02/11 (金) 12:12:41 - Actias 他人のふんどしで相撲をとっているのだから、しょうがないと思います。 パラメーターをいじるといっても、データベースの裏の作業が分かってないなら、結局はブラックボックスのたたき方に頼るしかないので、試行錯誤は続きます。 実証されていないのにヒットしないものは、データベース作成者に報告すると、データベースが良くなっていくので、データベースによっては、そのような連絡を歓迎しています。

モチーフ検索データベースの正確度 削除/引用 No.4-1 - 2011/02/11 (金) 10:32:48 - 大相撲春場所 よろしくお願いします。転写因子の勉強をしております。 TRANSFACなどのモチーフ検索データベースを試行錯誤で使いながら、プロモーター上のコンセンサス配列の検索を行っています。 しかし、試しにプロモーターに転写因子Aが結合すると報告されている遺伝子のプロモーター配列を入力しても、転写因子Aが結果に出てこないことが非常に多いです。ゲルシフトやChIPで証明されているもの、そして定説と言われているような転写因子-遺伝子でもヒットしない事があります。 まだ覚えたてですので、パラメータのいじり方などに勉強の余地があることはあるのですが、かなり甘い設定でも引っかかってこないことがあります。 単にデータベースの使い方が悪いのでしょうか？　それとも、このようなデータベースの正確度には限界があるのでしょうか？ 教えて頂ければありがたいです。

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