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(無題) 削除/引用 No.35-3 - 2011/02/18 (金) 22:36:46 - 今日も雪だった 「PCRのかかりにくささえ克服すれば、バックも低くなるしよりspecificな結合領域のスキャンも可能だし、DNAを短くしても問題ないんじゃないか、むしろメリットの方が大きいんじゃないか」 という理解でいいのかどうかをお尋ねしたい次第です。

(無題) 削除/引用 No.35-2 - 2011/02/18 (金) 21:24:11 - Actias で、質問の要点は？ ものすごくこだわった論文は読んだことがあって、 酵素で裸になっているDNAを消化し、ヒストンにまきついている DNAを集めるために、モノヌクレオソームを密度勾配で 分けてからIPしたというものです。 そういう話し？

ChIP（クロマチン免疫沈降）のDNA断片化に対する考え方 削除/引用 No.35-1 - 2011/02/18 (金) 10:05:56 - 今日も雪だった よろしくお願いします。 ChIPでのDNA断片化について、短すぎるとPCRがかかりにくくなるものの、IPの効率は上がり、バックグラウンドは低くなると言われています。 ただ、ヒストン周のDNAは一定以上(170bpくらい？)の長さがあるため、PCRのプロダクトサイズを短め（100bp前後）にすれば断片化が進んでも検出効率はそんなに下がらないのではないでしょうか？ また、DNAが短ければ結合部位をよりspecificにスキャンできるのではないかとも考えてしまいます。 PCRの問題さえクリアできれば、それ以外のデメリットは無いのでしょうか？ ご教授頂ければありがたいです。

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