全8件 ( 1 〜 8 )　 前 | 次 　1/ 1. /1

教えてもらいました 削除/引用 No.336-9 - 2011/04/26 (火) 22:05:53 - yuri first exonを飛ばす形にすると、promoter領域にloxP配列が挿入されてしまい、他の組織での発現に影響が出てしまう可能性があるので、基本的に2つ目以降を飛ばすことしかしないそうです。 NCBIである程度domainの情報が得られたので、重要と思われる部分の多くを含むエクソンを飛ばす対象として考慮することにしました。 二つ以上のエクソンにまたがる場合は、スプライシングで消された場合もフレームシフトを起こして以下のエクソンが発現しないようなパターンになるようなエクソンを選んだほうがよいそうです。 これから、塩基の数を数えながら設計してみます。たくさんのアドバイスいただき、ありがとうございました。

(無題) 削除/引用 No.336-8 - 2011/04/26 (火) 09:47:46 - ンンノ 自分のラボでノックアウトマウスを作製するくらいですから、ラボにも その遺伝子やタンパク質に詳しい人がいそうなものですが？ 遺伝子によっては複数のプロモーターと複数の開始コドンがあったりするので、 その遺伝子についてちゃんと勉強しないと目的を達成できないかもしれませんね。 NCBIでBLAST検索すると保存配列を表示してくれるので、それを手がかりする のがお手軽ではないでしょうか。 それにマウスだったらESTの情報が山ほどありそうですが、そういうのを整理して スプライスバリアントを把握しておくのも無駄ではないと思います。

(無題) 削除/引用 No.336-7 - 2011/04/26 (火) 04:27:39 - Boston-Pullman >[Re:4] yuriさんは書きました : >他の組織での発現に影響が出ないようにするために、つぶすエクソンを慎重に選ぶ必要があるとのことです。 それはCreを発現させるプロモーター・エンハンサー活性で制御します。そのためのｃKOなので。もしイントロン内のエンハンサーについて話しているのであれば、ごもっともです。 あと例ですが、エクソン２を欠失させても、エクソン１と３がインフレームだと変異タンパク質が出てきてしまうので注意が必要です。ベータカテニンみたいに活性型になる変異体もありますし。 最初のATGを含むエクソン、種を越えて保存されているエクソンをつぶすというのが選択肢の上位だと思います。

(無題) 削除/引用 No.336-6 - 2011/04/26 (火) 03:13:02 - おお http://www.uniprot.org/uniprot/ ここでは何か情報がえられますか? 遺伝子の大きさの都合で全体を抜くのが難しい場合は開始コドンをふくむエクソンから下流を出来るだけ決失させるという方法もよく取られます。上流のTATAも抜くというても取れるかもしれませんがこれはご自分で調べてみてください。わたしはこのてに関しては詳しくありませんので。もちろん機能に重要なところを狙うこともありますが、選択的スプライシングまで考慮していじることはまれだと思います。そういうエクソンを抜くとほかの臓器で発現するタンパクが出てくるとするとそれはそれでまずいでしょう。それにタンパクの活性ともっているモチーフの関係がしっかり研究されていないとプレディクションのもとに設計することは危険かと思います。 あとイントロンの大部分を切取り数十ベースの長さにするとイントロンが保持されるためインフレームをおこしKOできたという方法論もあることはあります。 こういう技術はもう確立されてから時間が立っていると思いますので成書やしっかりしたメソドロジーをかいたレビューのようなものが出回ってませんか?

補足です 削除/引用 No.336-4 - 2011/04/26 (火) 01:49:21 - yuri 質問が不十分ですみません。私は4月から研究を始めた大学院生です。 cre-loxpシステムでは、欠失させられる長さに限りがある（相同組み換えを利用しているので）ことや、他の組織での発現に影響が出ないようにするために、つぶすエクソンを慎重に選ぶ必要があるとのことです。 そこで、見たい（特異的にノックアウトしたい）組織でどの部分が重要かを知るために、組織によってその遺伝子がどのようにスプライシングを受けるか、どの部分が酵素活性を持つか、といった情報が得られるデータベースなどがあれば思って、質問しました。 しかし、そんなに簡単な方法はなさそうですね。 ＞トランケートを発現させて機能を調べている論文 ＞または、キーになりそうなアミノ酸を置換している そのような論文がないか検索してみます。 ここのラボでトータルノックアウトマウスはすでに作られていてフェノタイプも出ているので、チームリーダーが学会から帰ってきたら直接聞いてみます。 どうもありがとうございました。

(無題) 削除/引用 No.336-3 - 2011/04/25 (月) 20:42:49 - おお 発現しない様にするというのが基本だと思いますが、、、 そのあなたの考えている"遺伝子"はタンパクをコードしているのですよね。それとも違う事をしているという想定をしているのでしょうか。

(無題) 削除/引用 No.336-2 - 2011/04/25 (月) 13:11:57 - ~ おそらくは貴方は部屋持ちやグループリーダーなどではなく、ラボに新しく入ってそのテーマを与えられたのですよね？ そうであれば、まずは貴方にそのテーマを与えた人に背景となる情報について確認するのがいいと思いますが。 どう潰せば機能が見られるか分からない遺伝子について、いきなりマウス個体で様々なトランケートを作ってから、機能について調べるつもりなのでしょうか？ 書かれている情報からは、まずはその遺伝子の機能を培養細胞などを使って調べるのに半年〜２年位かかって、潰す場所が決まってからノックアウトマウスを作る流れになるような気がしますが。 わざわざトランケートをコンディショナルノックアウトで作ってる話になっているのであれば、それなりに基礎的なデータが既にあるのではないでしょうか？ また、全て潰すのではなく、部分的に潰す必要は何故あるのですか？ その遺伝子の機能が欠損していればいいのであれば、潰す部分を限定する必要は無いと思いますが。 >なかなか目的の遺伝子の機能調節に関わる部位について これは、”貴方の目的の遺伝子”と言う意味でしょうか？ そうであれば、報告されていればあまり新規性が弱く、報告が無いからこそ貴方が調べることになったのでは？ >どの部分をつぶせばよいか トランケートを発現させて機能を調べている論文を見かけませんでしたか？ または、キーになりそうなアミノ酸を置換している論文を見かけませんでしたか？ >調べるにはどのような方法があるか 調べる方法は、貴方が調べたい遺伝子がどのように調べることで機能を知ることが出来るかに依存するでしょう。 酵素活性、代謝産物量、増殖能、分化能、細胞形態などが調べられることはありますね。

遺伝子の機能部位 削除/引用 No.336-1 - 2011/04/25 (月) 12:33:43 - yuri 基礎研究初心者です。cre-loxpシステムを使って、ある遺伝子の組織特異的なノックアウトマウスを作ろうとしているのですが、どの部分をつぶせばよいか、調べるにはどのような方法があるか教えていただけないでしょうか。PubMedで論文検索しまくっても、なかなか目的の遺伝子の機能調節に関わる部位について述べられた論文がみつかりません。どなたかアドバイスをよろしくお願いいたします。

全8件 ( 1 〜 8 )　 前 | 次 　1/ 1. /1

パスワードを入力してチェックした記事を

チェックした記事を

このトピックにメッセージを投稿する 名前  メール  　アドレス非公開    タイトル  本文       設定  クッキーを保存（次回の入力の手間を省けます） 上に上げない（トピックの一覧で一番上に移動させません） 解決（問題が解決した際にチェックしてください） 暗証  半角英数字8-12文字の暗証番号を入れると、あとで削除、修正ができます。 送信

---

〔使い方〕 「アドレス非公開」をチェックすれば、自分のメールアドレスを公開しないで他の方からメールを受け取れます。 問題が解決した際には、解決ボタンをチェックして解決した旨のコメントをつけてください。これは、初めにトピックを作った人と管理人のみが可能です。 半角カタカナ、機種依存文字(全角ローマ数字、○の中の数字等)は文字化けの原因となりますので使わないでください。

---