ちょっと混乱しているので教えてください。
ある遺伝子座位は、whole gene deletionがあったりduplicationがあったり
します。今、deletionをヘテロで持つ個体(例えばA-B-C/delのようなディプロタイプ)のシークエンスをしようと思っていて、あるプライマーペアは、deletionを起こしている部位をはさむように特異的にある長さで増幅することで、delを検出することが知られています。このdel特異的に増幅されたPCR産物のシークエンスを検討しているのですが、上司に、delのホモではなくてヘテロなのだから、そのPCR産物をシークエンスしても、片側配列が入り込んでぐちゃぐちゃで読めないから、ゲル切りとか検討しないといけないよ、と言われました。私のイメージとしては、delのヘテロであっても、PCRの結果、del特異的な領域を増幅していて、片側のA-B-Cの領域は増幅されていないのだから、ゲルきりなどの操作は不要であると考えていたのですが、間違っていますでしょうか。ちなみに、そのPCR産物はゲル上はシャープな1本のバンドとして検出されます。
そもそも、私の理解では、A-B-C/delのディプロタイプといった場合、染色体のうち、一方の染色分体にA-B-Cというハプロタイプがのっていて、もう片方の染色分体はその遺伝子座位が欠損しているというイメージなのですが、この解釈自体が間違っているのでしょうか? もしかして、各染色分体のDNA2重螺旋の片鎖がA-B-Cというハプロタイプで、それの対のDNA鎖が欠損?しているのでしょうか(片方の染色分体も同じ状態)?何だか分からなくなってきました。 |
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