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ポリアクリルアミドゲルでのDNA染色 トピック削除
No.200-TOPIC - 2011/03/24 (木) 14:48:53 - 310
いつもお世話になっております。
57bpと32bpのDNA断片を分離し57bpのみを回収し、精製後アダプターライゲーション&PCRを行いたいと考えております。
トランスイルミネータがUVしかなく、アガロースからDNA断片を回収する際にはMupid blueを使っておりました。

ポリアクリルアミドゲルでトランスイルミネータを使わない染色法は銀染色が主流のようですが、銀で染めたDNAを回収した後にアダプターライゲーション&PCRを行う際、どこに注意すればよろしいでしょうか?あるいはライゲーションやPCRに使うなら別の染色液を使ったほうが良いのであれば、教えていただけないでしょうか?

ポリアクリルアミドゲルからの回収と精製にはE.Z.N.A Poly-Gel DNA extraction kitを使う予定です。

よろしくご教示をおねがいいたします。
 
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No.200-11 - 2011/08/04 (木) 14:23:43 - あおいろ
そうそう最近は青色光で検出することもあるみたいですね。
エチブロもいい光源があれば、470-500nmくらいの励起光で検出出来ますしね。
AP様の言われるような実験をやってみせてるweb pageもありますね。
http://www.invitrogen.jp/electro/safe_imager2.0.shtml

(無題) 削除/引用
No.200-10 - 2011/08/04 (木) 07:47:21 - >
常識の範囲ないで普通にUVあててDNA回収してるレベルですか?それって。

>side-by-sideでUV照射・非照射を比べてみればコロニー数がケタ違いだと思います。

これも?

そんな特異な例もあるのねっておもしろ話ですね。

(無題) 削除/引用
No.200-9 - 2011/08/03 (水) 20:42:46 - AP
>[Re:8] >さんは書きました :
> UVにあてることに神経質になる人がたまにいるけど、
> そんなに変なこと起こる?
>
> 私は、常識の範囲ないで普通にUVあててDNA回収してるけど、
> その後の操作で何かしらの不都合を感じたことはないなぁ。


ラボによってUVイルミネータの性能(波長特性やパワー)が違ったり、一回の実験でどのくらいのDNA量を使っているかが違ったりするので、条件によっては火がつかない場合もあると思いますが。UV照射に配慮しなくてもうまくいっているようでも、side-by-sideでUV照射・非照射を比べてみればコロニー数がケタ違いだと思います。

エピソードをひとつ。サバティカルでうちの研究室に滞在して実験をやっていた外国人研究者のケース。

ベクターを分けてくれというので好きなだけ取ってくれと、私のストック(これだけあれば、これからの研究人生の間中、十分にまかなえるくらいと思って精製した数百マイクログラム)を渡した数日後、トランスフォーマントが一個も取れなかったので、もっとくれと言ってきた。

おいおい、あれだけの量をどうしたら使い切れるのか、あれだけ使って一個も取れないとはどういうことかと聞いてみた。彼のラボでは、DNAをたっぷり使ってUV当てまくりで切り出しをしていて、その流儀でやったらしい。それでも、UVイルミネータのパワーが低くてDNA量をたっぷり使えば、生き残ったDNAでコロニーがでるんだろう。

うちのラボではUVを当てないでとった切り出しDNA断片を数十ナノグラムで一回分のligationをして、コンスタントにうまくいってると言ったら、そんなわけないと。UV当ててとったDNA断片を泳動しても分解は見られないと。彼はピリミジンダイマーの生成とその影響を知らないでそれまでやってきたらしい。

ちなみに、そのラボはプロジェクト研究でいろいろなschoolの研究者が集まっていて、またお金があったのでUVイルミネータを含め、高性能の機器を揃えていた。あたらしいメンバーの多くは、それまでの流儀で切り出しをやったため、トランスフォーメーションがうまくいかない罠にはまっていた。

(無題) 削除/引用
No.200-8 - 2011/08/02 (火) 18:49:20 - >
UVにあてることに神経質になる人がたまにいるけど、
そんなに変なこと起こる?

私は、常識の範囲ないで普通にUVあててDNA回収してるけど、
その後の操作で何かしらの不都合を感じたことはないなぁ。

(無題) 削除/引用
No.200-4 - 2011/03/29 (火) 02:15:25 - 310
中年様、AP様

ありがとうございました。UVトランスイルミネータ+アルミホイルで行うAP様

の方法が優れているため、使わせていただくと思います。

(無題) 削除/引用
No.200-3 - 2011/03/24 (木) 15:45:36 - AP
UVを当てて観察するレーンと、切り出しをするレーンを分けて、切り出しするレーンはアルミフォイルで遮光するか切り離しておけばいいんじゃないですか。バンドの位置に、ナイフで切れ込みを入れるなどして印をつけて、あとは白色光のもとで作業すればよろし。これはアクリルアミドゲルに限ったことではなく、ありふれた手順だとおもいますが。

(無題) 削除/引用
No.200-2 - 2011/03/24 (木) 15:19:03 - 中年
私はEtBr染色でやっておりました。

ポリアクリルアミドゲルでのDNA染色 削除/引用
No.200-1 - 2011/03/24 (木) 14:48:53 - 310
いつもお世話になっております。
57bpと32bpのDNA断片を分離し57bpのみを回収し、精製後アダプターライゲーション&PCRを行いたいと考えております。
トランスイルミネータがUVしかなく、アガロースからDNA断片を回収する際にはMupid blueを使っておりました。

ポリアクリルアミドゲルでトランスイルミネータを使わない染色法は銀染色が主流のようですが、銀で染めたDNAを回収した後にアダプターライゲーション&PCRを行う際、どこに注意すればよろしいでしょうか?あるいはライゲーションやPCRに使うなら別の染色液を使ったほうが良いのであれば、教えていただけないでしょうか?

ポリアクリルアミドゲルからの回収と精製にはE.Z.N.A Poly-Gel DNA extraction kitを使う予定です。

よろしくご教示をおねがいいたします。

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