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DNA ladderの検証に必要な細胞数について トピック削除
No.178-TOPIC - 2011/03/18 (金) 17:38:09 - だい
ある毒性遺伝子を発現させてapoptosisに関する研究を行っているものです。

apoptosisの初期段階に認められるDNA ladderが認められるかどうかを判断するために35mm dish 50-70%コンフルエントくらいから細胞を回収、DNAを抽出して最終的にTE 10μLに溶解し、ladderが認められるかどうかを検証したところ、ladderはあるにはあるのですが、非常に薄くて判別に困っています。ゲルの染色時間を延ばしたりしましたがあまり効果がないようです。

ゲルは2%アガロースを用いています。DNA ladderを検証するのに必要な細胞数が少ないのでしょうか?あんまり増やしすぎてもゲノムDNAの粘性が高まって流れなくなったり、ゲルの分解能を超えてしまう心配もあり、悩んでいます。DNA ladderを検証するために必要な細胞数について経験のある方がいらっしゃったら教えていただけますでしょうか?

よろしくお願いいたします。
 
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どうもありがとうございます 削除/引用
No.178-3 - 2011/04/06 (水) 18:44:28 - だい
返信が遅れまして申し訳ありません。
重要な情報を教えてくださり、どうもありがとうございました。
TAkARAのキット、さっそく調べてみました。
長いDNA断片を除いてアガロースで流すだけでも違うようですね。
また、SYBR Green 1を加えて定量化するのもよい方法だと思いました。

どうもありがとうございました。

だい

市販キットのプロトコルを読むと 削除/引用
No.178-2 - 2011/03/23 (水) 11:37:31 - NK
実際に実験してみたことはないのですが...

私が作っているサイトでは市販のApoptotic DNA Ladderを検出するキットをリストしていますが、いずれも長いゲノムDNAを沈殿で除いているようです。短いDNA断片だけをアガロースで流しているみたいです。

キットの成分(solution A, B)が公開されていないので、どういうやり方をしているのか分かりませんが、元の文献を当たってみるとか、あるいはTakaraのキットは比較的安価なので良いかもしれません。

http://catalog.castle104.com/373-apoptotic-dna-ladder-apoptosis-assays

DNA ladderの検証に必要な細胞数について 削除/引用
No.178-1 - 2011/03/18 (金) 17:38:09 - だい
ある毒性遺伝子を発現させてapoptosisに関する研究を行っているものです。

apoptosisの初期段階に認められるDNA ladderが認められるかどうかを判断するために35mm dish 50-70%コンフルエントくらいから細胞を回収、DNAを抽出して最終的にTE 10μLに溶解し、ladderが認められるかどうかを検証したところ、ladderはあるにはあるのですが、非常に薄くて判別に困っています。ゲルの染色時間を延ばしたりしましたがあまり効果がないようです。

ゲルは2%アガロースを用いています。DNA ladderを検証するのに必要な細胞数が少ないのでしょうか?あんまり増やしすぎてもゲノムDNAの粘性が高まって流れなくなったり、ゲルの分解能を超えてしまう心配もあり、悩んでいます。DNA ladderを検証するために必要な細胞数について経験のある方がいらっしゃったら教えていただけますでしょうか?

よろしくお願いいたします。

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