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RNA抽出と塩 トピック削除
No.1404-TOPIC - 2012/03/02 (金) 16:08:06 - nb
ある組織からRNAを抽出し、PCRをしています。

簡易なプロトコールを書きますと、
組織にRNA-Beeを加えホモジナイズ→クロロホルムを加え遠心→上層を回収し、イソプロパノール沈殿→70%エタノールを加え、遠心(2回)、乾燥
という流れです。

しかしながら、この方法では最後の沈殿物が、真っ白な沈殿物の塊(透明ではない)となっており、塩が多量に混じっていると思います。

そしてこのRNAをcDNAとし、リアルタイムPCRをしたところ、βアクチンすら検出されませんでした。(組織中の細胞の割合は、かなり低いものを使用しています。しかしRNA濃度測定では、問題なく抽出できている様な数値だったのですが・・)

そこで質問なのですが、塩が多い時はエタノール沈殿や、70%エタノールを用い、塩を減らす様にすべきと理解していますが、塩が多すぎるといけない理由は何なのでしょうか。

つまり今回の様に、塩が多すぎると、PCRでβアクチンすら検出されないという事があり得るのでしょうか。

何が原因で抽出できなかったのか悩んでおり、よろしくお願いします。
 
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IgBJXOcAJhsE 削除/引用
No.1404-7 - 2012/06/13 (水) 01:46:53 - gstfsnvdtc
ClqCYd <a href="http://rybuwpisyjrh.com/">rybuwpisyjrh</a>

KNlWksfDNcQFzzhlGJq 削除/引用
No.1404-6 - 2012/06/10 (日) 20:06:12 - fqhgbwuurvi
leWQFK <a href="http://vrtjqbjopsgs.com/">vrtjqbjopsgs</a>

eAmfqZovfhPqr 削除/引用
No.1404-5 - 2012/06/10 (日) 00:31:20 - Madeleine
Hey, that post leaves me feeling floosih. Kudos to you!

(無題) 削除/引用
No.1404-4 - 2012/03/08 (木) 17:45:02 - bn
抽出できなかったのではなく
塩が多くて酵素が機能していないということではないでしょうか?

DNA量にもよりますが、溶液を希釈したら検出できるのではないでしょうか。

RNA抽出と塩 削除/引用
No.1404-1 - 2012/03/02 (金) 16:08:06 - nb
ある組織からRNAを抽出し、PCRをしています。

簡易なプロトコールを書きますと、
組織にRNA-Beeを加えホモジナイズ→クロロホルムを加え遠心→上層を回収し、イソプロパノール沈殿→70%エタノールを加え、遠心(2回)、乾燥
という流れです。

しかしながら、この方法では最後の沈殿物が、真っ白な沈殿物の塊(透明ではない)となっており、塩が多量に混じっていると思います。

そしてこのRNAをcDNAとし、リアルタイムPCRをしたところ、βアクチンすら検出されませんでした。(組織中の細胞の割合は、かなり低いものを使用しています。しかしRNA濃度測定では、問題なく抽出できている様な数値だったのですが・・)

そこで質問なのですが、塩が多い時はエタノール沈殿や、70%エタノールを用い、塩を減らす様にすべきと理解していますが、塩が多すぎるといけない理由は何なのでしょうか。

つまり今回の様に、塩が多すぎると、PCRでβアクチンすら検出されないという事があり得るのでしょうか。

何が原因で抽出できなかったのか悩んでおり、よろしくお願いします。

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