ある組織からRNAを抽出し、PCRをしています。
簡易なプロトコールを書きますと、
組織にRNA-Beeを加えホモジナイズ→クロロホルムを加え遠心→上層を回収し、イソプロパノール沈殿→70%エタノールを加え、遠心(2回)、乾燥
という流れです。
しかしながら、この方法では最後の沈殿物が、真っ白な沈殿物の塊(透明ではない)となっており、塩が多量に混じっていると思います。
そしてこのRNAをcDNAとし、リアルタイムPCRをしたところ、βアクチンすら検出されませんでした。(組織中の細胞の割合は、かなり低いものを使用しています。しかしRNA濃度測定では、問題なく抽出できている様な数値だったのですが・・)
そこで質問なのですが、塩が多い時はエタノール沈殿や、70%エタノールを用い、塩を減らす様にすべきと理解していますが、塩が多すぎるといけない理由は何なのでしょうか。
つまり今回の様に、塩が多すぎると、PCRでβアクチンすら検出されないという事があり得るのでしょうか。
何が原因で抽出できなかったのか悩んでおり、よろしくお願いします。 |
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