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(無題) 削除/引用 No.1369-3 - 2011/12/28 (水) 17:19:17 - ta primer3とか使えますよ。 beta actinもかからないのは脂肪さんと同じ意見ですが。電気泳動で、１８ｓと２８ｓのシャープなバンドが見られますか？

(無題) 削除/引用 No.1369-2 - 2011/12/22 (木) 15:53:05 - 脂肪 ＞b-actinもうまくかかりません。 それってRNAが分解してないですか？ ODじゃ分解具合は判定できないですよ。

遺伝子特異的プライマーによるｃＤＮＡの生成 削除/引用 No.1369-1 - 2011/12/22 (木) 12:11:33 - Miffy 現在パラフィンブロックからＲＮＡをエクストラクトしｃＤＮＡの作成を行っています（RNeasy FFPE kit from QIAGENを使用)。最終目的はターゲットの遺伝子の組織での発現を調べるためです。 ＲＮＡのクオリティはナノドロップで測定した範囲では260/230, 260/280ともに２に近くエクストラクトの過程は問題がないと思っています。 しかしリアルタイムをかけてみたところb-actinもうまくかかりません。リアルタイムの系は細胞などを使った場合は問題がありません。結論としてＲＮＡの断片化が問題で増幅できないのではないかと考えています。 そして以下改善することにしました。 １、ｃＤＮＡの作成に用いている酵素を変えてみる。 現在はInvitrogenのtranscriptase IIIを使っていますがQuantiTect Reverse Transcription Kit from QIAGENにしてみようと思っています。 ２、リアルタイムＰＣＲの産物は現在２００ｂｐなのですが１００ｂｐ位に減らすようにプライマーのデザインをしなおす。 ３、遺伝子特異的プライマーによるｃＤＮＡの生成 １と２は問題なくできるのですが３についてどのようにプライマーをデザインしたら良いのか教えていただきたく思っています。 ＵＳ在住ですのでもし書籍ではなくウエブサイトで参考になるものがあれば教えていただけると幸いです。 またフリーでダウンロードできるｃＤＮＡの生成に使用可能な遺伝子特異的プライマーデザインソフトなどご存知でしたら是非教えていただきたいです。 どうぞよろしくお願いいたします。

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