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human genome free の PCR実験用 超純水 トピック削除
No.1306-TOPIC - 2011/12/08 (木) 11:17:58 - H2O選び
お世話になります。

ヒトゲノムを鋳型としてPCRを行っているのですが
ネガティブコントロール(ゲノムを加えない)にもバンドが出ることがあり
実験試薬一式とピペット、チューブ一式を購入しなおすことを検討しています。

特に、PCRに使用する水の選択に悩んでいます。
ミリQオートクレーブ(121℃ 60分)では、万が一ゲノムが入っていてもゲノムを分解することは難しいと聞いたことがあります。また、オートクレーブ自体が細胞の滅菌などと共用されているため、ゲノムが付着している可能性があります。
(そのため、チューブなどはワトソン社のものを滅菌しないで使用しています)

既製品を購入することを考えているのですが、現在使用しているインビトロジェン社の超純水(型名:10977015)ではゲノムの混入に関する試験は行っていないようです。

皆様はどのようにされているのでしょうか。

お知恵をお貸しくだされば幸いです。
 
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(無題) 削除/引用
No.1306-6 - 2011/12/22 (木) 15:19:50 - H2O選び
皆様ご回答ありがとうございます。

すべて新しくしたところ、コンタミネーションを解決できました。

また、H2Oはミリポア社:型番 H20MB0501 で落ち着きました。

お世話になりました皆様に心からお礼申し上げます。

(無題) 削除/引用
No.1306-5 - 2011/12/10 (土) 00:49:37 - KEN
コンタミですか。。。
私も実験を始めた頃はよくやりました。
とりあえず、私はコンタミが発生した場合は時間的余裕があれば、新品の試薬で、コンタミ発生時に使った試薬を内因性コントロールのプライマーでPCRをします。
が、余裕がないときは、Taqだけコンタミしていないことを確認して、dNTPや10x bufferなどもろもろの安い試薬は廃棄してしまいます。

一番のコンタミのおきやすい原因は、実験室がきたないことではないか?と思います。
実験台は実験前、終了時にふいておられますか?手は洗っていますか?ピペットも実験を始める前と終わる時は、潔癖と言われるかもしれませんが、拭きます。(分解掃除までは年に数回くらいしかしませんが。)

水は、当方はミリQ水もしくは、DNase, RNaseフリーwaterを使ってやっています。以前、試したことがあるのですが水道水でも案外、大丈夫だったです。w

予算的に余裕があれば、フィルターチップを使うと楽です。当方は、一日に数百検体を処理する上にPCRのサイクル数が非常に多い上にセカンドPCRも行っているので、非常にコンタミのリスクが高い状況です。
試薬を入れる時はフィルターチップを使っています。コンタミが発生した時の試薬を捨てる値段とフィルターチップを比較するとチップの方が安いですし。

予算的に厳しいならば、泳動のピペットと、DNAをつめるピペットは分けた方が良いかもしれませんね。当方は、泳動する実験台も少しはなしています。泳動にはフィルターのないノーマルなチップであまり問題ないかと思います。

(無題) 削除/引用
No.1306-4 - 2011/12/08 (木) 17:50:14 - KY
オートクレーブしないミリQで行っておりました。
以前のラボでも同じような問題がありました。
今思うと、おそらく原因はPCRを行う部屋で、
1、オートクレープも同じ部屋で使用していた。
2、泳動済みのアガロースゲルを同じ部屋のザルにおいて、乾燥後に廃棄していた。
などなどから発生したエアロゾルにDNAがコンタミしてしまったのではないのかなと思っております。
他の方もおっしゃっているようにピペットマンも多くの学生で共有していたので、汚かったです。

プライマーダイマーでないことは確認していますよね 削除/引用
No.1306-3 - 2011/12/08 (木) 12:01:58 - ~
MilliQ水を使っています。
たまに気休めにオートクレーブしてみたり、UVトランスイルミネーターでUV照射してみたりしています。

私がネガコンでの増幅に悩まされた時は、ピペットマンの内部の汚染が原因のようでした。
それはフィルター付きチップにすることで解決しました。
(さんざんラージプレップで目的配列を含むプラスミド調製していたので、吸い込んでいたのかもしれません)

DNAフリーwaterは売られているようですので、
http://www.mobio.com/pcr-water/pcr-water-certified-dna-free.html
1回くらいは試して水が原因でないかを検討してもいいのかもしれません。

(無題) 削除/引用
No.1306-2 - 2011/12/08 (木) 11:21:01 - う
まず、どこにコンタミがあるのかを見極めることが必要なのではないでしょうか。

私は、別に通常のミリポアのミリQ水でゲノムのコンタミは特にないですし、
市販の水でとくに問題があったこともありません。

human genome free の PCR実験用 超純水 削除/引用
No.1306-1 - 2011/12/08 (木) 11:17:58 - H2O選び
お世話になります。

ヒトゲノムを鋳型としてPCRを行っているのですが
ネガティブコントロール(ゲノムを加えない)にもバンドが出ることがあり
実験試薬一式とピペット、チューブ一式を購入しなおすことを検討しています。

特に、PCRに使用する水の選択に悩んでいます。
ミリQオートクレーブ(121℃ 60分)では、万が一ゲノムが入っていてもゲノムを分解することは難しいと聞いたことがあります。また、オートクレーブ自体が細胞の滅菌などと共用されているため、ゲノムが付着している可能性があります。
(そのため、チューブなどはワトソン社のものを滅菌しないで使用しています)

既製品を購入することを考えているのですが、現在使用しているインビトロジェン社の超純水(型名:10977015)ではゲノムの混入に関する試験は行っていないようです。

皆様はどのようにされているのでしょうか。

お知恵をお貸しくだされば幸いです。

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