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グリセロールストックからのプラスミド収量が悪い トピック削除
No.1285-TOPIC - 2011/12/02 (金) 18:47:03 - TS
いつも勉強させて頂いております。

pGL-3にある遺伝子のプロモータを入れたプラスミドを調製しているところで、おかしなこと(?)が起きておりまして、ご存じの方がおりましたらご教授ください。

以前に、当該プラスミドを定法通りに、DH5αに形質転換、LBプレートに播種、シングルコロニーを4mLのLB培地で終夜培養、ミニプレップで精製したところ、25μg程度のプラスミドが取れました。(これに関しては、問題なし)

このときに一部をグリセロールストックとしていたので、久しぶりに、グリセロールストックから同じプラスミドを再度作ってみたのですが、収量は約1/10でした。
具体的な方法としては、グリセロールストックのほんの少量(見えない程度)を4mL程度のLB培地(前回と同じくらいの量)に接種、終夜培養、ミニプレップという感じです。見た目では、大腸菌はきちんと増えておりました。

これまでに同様の手順で、色々な他のプラスミドでも良くやっておりましたが、収量が1/10になるようなことはありませんでした。(だいたい同じくらい取れていました)

+Ampの培地で大腸菌が育っているので、プラスミドは保持されているはずですが、グリセロールストックから起こしたときに、このように収量が落ちることは時々あるものでしょうか?

補足ですが、収量があまりにも低かったので、アガロースゲルは流しておりません。ご了承ください。

ご存じの方、おりましたらよろしくお願いします。
 
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(無題) 削除/引用
No.1285-8 - 2011/12/04 (日) 00:49:25 - ami
>グリセロールストックをそのまま液体培地に入れて、増やすと、収量が減った経験があります。私は面倒でも、プレートにまいて、シングルコロニーを得るようにしています。

これに1票です。原因はわかりませんが、経験的にはこうなります。

(無題) 削除/引用
No.1285-7 - 2011/12/03 (土) 10:41:06 - シリウス
グリセロールストックをそのまま液体培地に入れて、増やすと、収量が減った経験があります。

私は面倒でも、プレートにまいて、シングルコロニーを得るようにしています。

なぜ、そのような現象が起きるのか、確かな答えは持ち合わせていません。

経験則ですが、お役に立てば、幸いです。

(無題) 削除/引用
No.1285-6 - 2011/12/03 (土) 10:32:15 - Harmonia
ヒントは過去ログに。
http://www.kenkyuu2.net/cgi-biotech2011/biotechforum.cgi?mode=view;Code=1217

(無題) 削除/引用
No.1285-5 - 2011/12/03 (土) 00:44:33 - TS
7744様:

ありがとうございます。やはりシングルコロニーを取り直すと、やはり収量が復活するのでしょうか? それは逆になぜなんでしょう。。。

急を要しているわけではありませんで、形質転換からやり直しても良いと考えておりました。(グリセロールストックを塗抹しなおすのとあまり手間が変わらないので)

一番知りたいことは、このようなことはたびたび起きるものなのか、なぜ起きるのかなぁ、ということです。

(無題) 削除/引用
No.1285-4 - 2011/12/02 (金) 22:51:07 - 7744
グリセロールストックから増やした大腸菌をチューブで落とした時の菌量はどうだったのでしょうか?文面から同じくらいだったと考えてもよいのでしょうか?

「グリセロールストックからプラスミド回収までをできるだけ短時間で行いたいのでどうしても」というのでなければ、グリセロールストックを一度プレートに播いて(コロニーが単離できるように)、そこからbrothにひろう方がいいと思います。
同じ人が同じ培養時間でやるのであればその方がストックする前に行った時の回収方法にかなり近くなって(ひろう菌量等)良いかと思います。

(無題) 削除/引用
No.1285-3 - 2011/12/02 (金) 21:38:03 - TS
Harmonia様、ありがとうございます。

>どこから培養してもですが、培養時間が長いと、大腸菌は増えるもののプラスミドの収量が減ることがあります。

終夜培養は約15時間でした。初発の菌濃度にもよるとも思いますが、若干長めですか。これまではあまり気にしたこともなく、特に問題にはならなかったのですが。今度、ちょっと短めでやってみることも考えてみます。

(無題) 削除/引用
No.1285-2 - 2011/12/02 (金) 20:35:56 - Harmonia
どこから培養してもですが、培養時間が長いと、大腸菌は増えるもののプラスミドの収量が減ることがあります。

グリセロールストックからのプラスミド収量が悪い 削除/引用
No.1285-1 - 2011/12/02 (金) 18:47:03 - TS
いつも勉強させて頂いております。

pGL-3にある遺伝子のプロモータを入れたプラスミドを調製しているところで、おかしなこと(?)が起きておりまして、ご存じの方がおりましたらご教授ください。

以前に、当該プラスミドを定法通りに、DH5αに形質転換、LBプレートに播種、シングルコロニーを4mLのLB培地で終夜培養、ミニプレップで精製したところ、25μg程度のプラスミドが取れました。(これに関しては、問題なし)

このときに一部をグリセロールストックとしていたので、久しぶりに、グリセロールストックから同じプラスミドを再度作ってみたのですが、収量は約1/10でした。
具体的な方法としては、グリセロールストックのほんの少量(見えない程度)を4mL程度のLB培地(前回と同じくらいの量)に接種、終夜培養、ミニプレップという感じです。見た目では、大腸菌はきちんと増えておりました。

これまでに同様の手順で、色々な他のプラスミドでも良くやっておりましたが、収量が1/10になるようなことはありませんでした。(だいたい同じくらい取れていました)

+Ampの培地で大腸菌が育っているので、プラスミドは保持されているはずですが、グリセロールストックから起こしたときに、このように収量が落ちることは時々あるものでしょうか?

補足ですが、収量があまりにも低かったので、アガロースゲルは流しておりません。ご了承ください。

ご存じの方、おりましたらよろしくお願いします。

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