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ラットCYP2C11/12のプライマー・PCR条件設定 トピック削除
No.1262-TOPIC - 2011/11/28 (月) 15:59:00 - mochimochi
いつもお世話になっております。
現在大学院生です。


あるTgラットの肝臓薬物代謝酵素のmRNA発現量の定量を行っています。
現在使用しているラットCYP2C11/12のプライマーおよびPCR条件では、非特異的なバンドがでてしまったり、バンドがスメってしまい正確な定量ができていません。imageJを使用してバンドの輝度を測定し、GAPDH発現量で割って定量を行っています。
今後はReal time PCRでの定量を予定しているため、プライマーおよびPCR条件の再設定が必要になりました。
もし、CYP遺伝子の発現をみている方がいらっしゃいましたら、プライマー条件や参考文献等を教えていただけると幸いです。

よろしくお願いします。
 
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(無題) 削除/引用
No.1262-2 - 2011/12/10 (土) 01:02:39 - KEN
自分は、Realtimeはよくやりますが、輝度での計測はしたことありません。
たしかに教科書にはのっていますが、そのような計測法で論文投稿したらレビュアーに突っ込まれると思います。
(シークエンスする時に必要な情報なのでだいたいバンドの見た目でアバウトな量を予測することはしていますが。。。)
realtimeをするにあたって、プライマーをそのままPCR用を用いることが出来る場合も多々ありますが、そのようなスメアが出たり非特異バンドが出るプライマーは使い物にならないと思います。下記のページを参考にして設計し直されることをお勧めします。
設計ソフトは、私はPrimer 3をよく用います。

www.takara-bio.co.jp/prt/pdfs/prt3-1.pdf

ラットCYP2C11/12のプライマー・PCR条件設定 削除/引用
No.1262-1 - 2011/11/28 (月) 15:59:00 - mochimochi
いつもお世話になっております。
現在大学院生です。


あるTgラットの肝臓薬物代謝酵素のmRNA発現量の定量を行っています。
現在使用しているラットCYP2C11/12のプライマーおよびPCR条件では、非特異的なバンドがでてしまったり、バンドがスメってしまい正確な定量ができていません。imageJを使用してバンドの輝度を測定し、GAPDH発現量で割って定量を行っています。
今後はReal time PCRでの定量を予定しているため、プライマーおよびPCR条件の再設定が必要になりました。
もし、CYP遺伝子の発現をみている方がいらっしゃいましたら、プライマー条件や参考文献等を教えていただけると幸いです。

よろしくお願いします。

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