>cu様 
浸透する厚みについては主に経験に基づいた知見です。 
文献等でお示しできないので心苦しいのですが確かアブカムかどこかのプロトコル集に言及があったような気もします。 
また、おっしゃるとおりでDAPIは抗体と比べてかなり浸透します。 
20分程度切片を浮かせておけば150マイクロ程度であればほぼ全ての核を染色できると思います。 
ただ、やはり抗体はかなり違っていて、たとえば100マイクロの厚みに切った切片で、 
神経細胞の突起の形状を内在性蛍光タンパクと抗体染色で重ねようとした場合、 
共焦点で形態を追いかけられる深度に乖離があることが多々あります。 
 
 
共焦点顕微鏡で観察する際には最終的にスライド上に貼り付けますので、片側20マイクロとして40、50マイクロメートルといったところが妥当なのではないでしょうか? 
100マイクロでも両側20マイクロずつ染まりますが、貼り付けてしまえば当然反対側はほとんど見えないのではないかと思います。 | 
      
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