Bio Technical フォーラム

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DpnI処理時間 トピック削除
No.1085-TOPIC - 2011/10/18 (火) 16:31:33 - しゅきる
こんにちは。

site directed mutagenesisの後、DpnIの処理時間についてお伺いしたいと思います。
というのも、現在新しいバイオロジーのラボに移ったのですが、
現在のラボではDpnI処理に終夜かけています。
以前のラボでは、1時間、長くても2時間程度だったと思うのですが、みなさまの研究室ではどうでしょうか?

また現在のラボのDpnIは研究室で作った自作のものなので、活性が違ったりするのかなとも考えていますが・・・。ラボのメンバーに聞いても、伝統で・・・という感じで・・・
みなさまのご意見よろしくお願いいたします。
 
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No.1085-8 - 2011/10/20 (木) 16:50:42 - しゅきる
~様
様々な理由の候補ありがとうございます。
理由2は・・・正直、現在の研究室には、あり得るかもって少し思ってしまいました。重ねてお礼申し上げます。ありがとうございました。


かしわもち様
拍手を打つのは面白いですよね!
研究室みんなでやっているところを想像するとちょっと可愛い感じがします。笑


にや様
貴重なご意見ありがとうございます。
やはりそういうこともあるのですね・・・。
勉強になります!


みなさまご意見ありがとうございました。
結局試した結果ですが、
終夜でも1時間でもシーケンスの結果は同じでした。
が、これはただラッキーなだけだったのかもしれません。

僕もにや様のように急がないときは、このおまじない?秘伝?やろうと思います。なんか安心ですよね!

(無題) 削除/引用
No.1085-7 - 2011/10/20 (木) 12:37:19 - にや
Direct Mutagenesisで取れにくいやつをDpnIで終夜処理してやっと取った経験がありました。
私はそれ以来、急がないものは終夜とか夜まで(トランスフォームの前まで)長時間反応させてますね。
おまじないとは知りつつ、なんかやめられない。

(無題) 削除/引用
No.1085-6 - 2011/10/18 (火) 20:16:34 - かしわもち
いや、いいですね。拍手?柏手?ですか! まねしてみよう。気合が入るし、ばかなミスが減りそうです。

いろいろな理由で、処理を速くしたいなら、普通にゲルで見える量を消化してみるとか、前の方の言うように1サンプルだけ実験してみるかでしょう。

(無題) 削除/引用
No.1085-5 - 2011/10/18 (火) 17:52:51 - ~
理由の候補としては、
・2時間処理で切れ残りが出てきたことがある
・系を立ち上げた人が早く帰りたかった
・系を立ち上げた人が制限酵素処理と同じ認識で一晩処理した
などでしょうか。

昔いたラボで代々引き継いでいるプロトコルには、「実験がうまくいくように拍手を打つ」、という操作があり、皆それに従っていました。
(誰も論文のM&Mには書いていませんが)

(無題) 削除/引用
No.1085-4 - 2011/10/18 (火) 17:07:51 - しゅきる
もちろんその時間短縮した場合も試しますが、個人的には聞いたことがなかったので、どなたかその理由や自分もそうやっているなど何か情報はないかと思いまして、質問させていただいた次第です。
単純な質問で、気に障ったのなら申し訳ありません。

(無題) 削除/引用
No.1085-3 - 2011/10/18 (火) 17:00:22 - ~
たしかに、1〜2時間くらいの処理時間のプロトコルしか見たことがありませんが、
処理時間についてここでアンケートをして統計を取りたいわけではありませんよね。
どのような意見を求められているのでしょうか?

自作酵素であれば、気になるのは目的の活性よりも、非特異のDNase活性かと思います。
一晩処理しても大丈夫ということは、出来のいい酵素なのではないでしょうか。

そのラボでできている以上、系としては動いているのですよね。
処理時間を短くしても大丈夫かどうかは、やってみるしかないのでは。

(無題) 削除/引用
No.1085-2 - 2011/10/18 (火) 16:53:06 - mon
不安に思うなら自分でモデル実験して条件決めするだけです。

DpnI処理時間 削除/引用
No.1085-1 - 2011/10/18 (火) 16:31:33 - しゅきる
こんにちは。

site directed mutagenesisの後、DpnIの処理時間についてお伺いしたいと思います。
というのも、現在新しいバイオロジーのラボに移ったのですが、
現在のラボではDpnI処理に終夜かけています。
以前のラボでは、1時間、長くても2時間程度だったと思うのですが、みなさまの研究室ではどうでしょうか?

また現在のラボのDpnIは研究室で作った自作のものなので、活性が違ったりするのかなとも考えていますが・・・。ラボのメンバーに聞いても、伝統で・・・という感じで・・・
みなさまのご意見よろしくお願いいたします。

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