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Genetyx-Winにかわる解析ソフト トピック削除
No.1076-TOPIC - 2011/10/17 (月) 13:34:06 - Gene
このたび、研究室の移動に伴い、これまで使用していたGenetyx-Winが使用できなくなりました。
これまで１０年以上使用してきたため、他のソフトをよく知りませんが、Web上で検索した結果、BioEditというフリーソフトにたどり着きました。

そこでお伺いしたいのですが、
１）Genetyx-Winで使用していたのは、２つの配列（塩基、アミノ酸）のホモロジー検索と制限酵素サイト検索だけです。BioEditで同様の検索の方法を簡単にお教えしていただける方おられますでしょうか？
２）BioEditでは無く、他のフリーソフト（インストールできるもの）でGenetyx-Winと同じ使い勝手のものをご存じないでしょうか？
よろしくお願いします。
　
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(無題) 削除/引用
No.1076-5 - 2011/10/17 (月) 19:38:19 - 虫の息
アライメント
二つの配列を選択した状態で
Sequence->pairwise alignment
できるんだけれども、あんまりよくないような。

制限酵素サイト
配列を選択した状態で
Sequence->nucleic acid->restriction map->generate map

(無題) 削除/引用
No.1076-4 - 2011/10/17 (月) 18:16:17 - Gene
mon様
ソフトの紹介ありがとうございます。
SerialCloner、CLC Main Workbenchについて、どなたか使用された経験をお聞かせいただければ幸いです。

脂肪様
アドバイスありがとうございます。
Web上での解析もたまに行っていますが、ネットにつながってない状態でも行いたいと思いまして、今回ような質問をさせていただきました。ちなみに、Web上での解析の場合、相補鎖への変換はできるものなのでしょうか？

(無題) 削除/引用
No.1076-3 - 2011/10/17 (月) 14:00:36 - 脂肪
neb cutter と clustalwじゃダメですか？
オンラインでできますよ。

http://tools.neb.com/NEBcutter2/
http://clustalw.ddbj.nig.ac.jp/top-j.html

(無題) 削除/引用
No.1076-2 - 2011/10/17 (月) 13:54:32 - mon
SerialClonerでも可能です（おそらく）。

最近、以下のメールも頂いたのでご興味があればどうぞ。超高機能です。
＜以下引用＞
お客様各位

今年3月31日より日本復興のために実施しておりますMain Workbench無償提供も
おかげさまで100を超える施設の皆様よりお申し込みをいただいております。

お申し込みは年末までとなっておりますので、まだお申し込みを行われていない
お客様は是非この機会にお申し込みください。

以下に概要を記載しております。本メールに返信の上、お申し込みください。

■■ Main Workbench 無償提供概要 ■■

対象となるお客様：日本在住のアカデミック研究機関

対象製品：CLC Main Workbench (http://www.clcbio.co.jp/mainwb)
※永続ライセンス+初年度アップグレード・サポート含む

お申し込み締め切り：2011年12月31日

■■------------------------------■■

Main Workbenchの無償提供は被災の有無に関わらず、日本在住の研究機関
全てを対象としておりますので、是非この機会に皆様の研究環境を充実
させるためにご活用ください。

株式会社CLCバイオジャパン
山田　政之

Genetyx-Winにかわる解析ソフト 削除/引用
No.1076-1 - 2011/10/17 (月) 13:34:06 - Gene
このたび、研究室の移動に伴い、これまで使用していたGenetyx-Winが使用できなくなりました。
これまで１０年以上使用してきたため、他のソフトをよく知りませんが、Web上で検索した結果、BioEditというフリーソフトにたどり着きました。

そこでお伺いしたいのですが、
１）Genetyx-Winで使用していたのは、２つの配列（塩基、アミノ酸）のホモロジー検索と制限酵素サイト検索だけです。BioEditで同様の検索の方法を簡単にお教えしていただける方おられますでしょうか？
２）BioEditでは無く、他のフリーソフト（インストールできるもの）でGenetyx-Winと同じ使い勝手のものをご存じないでしょうか？
よろしくお願いします。
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