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二本鎖DNA トピック削除
No.1056-TOPIC - 2011/10/12 (水) 17:39:30 - fire
二本鎖DNAを熱で解離させて、その後また二本鎖に戻そうと思っています。
熱処理後室温程度に戻してしばらく待つぐらいでいいんでしょうか?
 
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(無題) 削除/引用
No.1056-5 - 2011/10/12 (水) 22:20:57 - AP
どうやっても100%二重鎖に戻るということはまずないですが、適当にやっても程度の差はあれ二重鎖に戻ったものができるでしょう。

効率を上げるのには、ゆっくり冷ますのが肝です。
これぞannealingと呼ばれるようになった由縁。鉄を焼きなます(anneal)するためには、まず熱してから、ゆっくり冷ますことから来ています。

たっぷりの熱湯浴に浮かべて熱変性し、浴水ごと冷ますとか、ヒートブロックで熱変性して、スイッチを切ってブロックごと冷ますとか、PCRマシンのようなプログラムできるインキュベータで段階的に温度を下げているとか。あるいはハイブリダイゼーションのように、Tmより少し低い温度で長時間インキュベートするとか。

annealのkineticsのパラメータとして二重鎖の長さも関係します。オリゴのような短いものは短時間でannealが進むので、比較的短時間で冷ましてもかなり行きますが(PCRのannealing stepのように)、長くなるほど慎重に冷ます必要があるでしょう。

(無題) 削除/引用
No.1056-3 - 2011/10/12 (水) 18:54:58 - ~
PCRのアニーリングでは10〜30秒で十分なので、室温にまで冷めたと判明したときには2本鎖が生じているでしょう。

ただ、どのような目的、イメージなのかは分かりませんが、
温度を下げても完全には元の2本鎖の状態にはならず、部分的に2本鎖になったり、1本の鎖が内部で2本鎖部分を形成したりするでしょう。

(無題) 削除/引用
No.1056-2 - 2011/10/12 (水) 18:13:20 - 774
きっと室温に戻った頃には2本鎖に戻っていることでしょう。

二本鎖DNA 削除/引用
No.1056-1 - 2011/10/12 (水) 17:39:30 - fire
二本鎖DNAを熱で解離させて、その後また二本鎖に戻そうと思っています。
熱処理後室温程度に戻してしばらく待つぐらいでいいんでしょうか?

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