どうやっても100%二重鎖に戻るということはまずないですが、適当にやっても程度の差はあれ二重鎖に戻ったものができるでしょう。
効率を上げるのには、ゆっくり冷ますのが肝です。
これぞannealingと呼ばれるようになった由縁。鉄を焼きなます(anneal)するためには、まず熱してから、ゆっくり冷ますことから来ています。
たっぷりの熱湯浴に浮かべて熱変性し、浴水ごと冷ますとか、ヒートブロックで熱変性して、スイッチを切ってブロックごと冷ますとか、PCRマシンのようなプログラムできるインキュベータで段階的に温度を下げているとか。あるいはハイブリダイゼーションのように、Tmより少し低い温度で長時間インキュベートするとか。
annealのkineticsのパラメータとして二重鎖の長さも関係します。オリゴのような短いものは短時間でannealが進むので、比較的短時間で冷ましてもかなり行きますが(PCRのannealing stepのように)、長くなるほど慎重に冷ます必要があるでしょう。 |
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