Bio Technical フォーラム

  • バイオ関連の実験をする上での、試薬、機器、プロトコールなどの情報交換の場です。
  • 新しいテーマで話を始める場合、質問をする場合は「新しいトピックを作る」から書き込みをしてください。
  • 質問に対して解答できる方は是非、書き込んで下さい。
  • このフォーラムにふさわしくないと管理人が判断した投稿は予告なく削除します。

トピック一覧 | 研究留学ネットに戻る

最新のフォーラム | このフォーラム | ひとつ前のフォーラム(readのみ)

このスレッドをはてなブックマークに追加このスレッドをはてなブックマークに追加

塩基配列・アミノ酸配列を同時表示できるツール? トピック削除
No.1045-TOPIC - 2011/10/11 (火) 12:31:38 - nigo
プライマー設計する時などに、
塩基配列とアミノ酸配列を上下に並行してアラインメントした資料があると便利だと思いますが、
塩基配列を入力するだけで自動でそのようなファイルを作製できるツール(PCソフト・ウェブツールなど)などありませんでしょうか?
現状、そのような資料を手打ちですべて作製しています。

・一定の塩基数間隔で改行
・一部の配列をラベル(アンダーライン・フォント・注釈など)
・ファイルエクスポート
・プリントアウト
などの機能付きだと、なおいいと思います。

ご存じの方おられましたら、
ご教示いただけないでしょうか?
よろしくお願いいたします。
 
- このトピックにメッセージを投稿する -



5件 ( 1 〜 5 )  前 | 次  1/ 1. /1


ApE 削除/引用
No.1045-5 - 2011/10/12 (水) 09:40:11 - mon
ApEも素晴らしいfreeソフトです。Mac,Win版あり。
http://staff.aist.go.jp/s-hanai/gene_download.html
に使い方が紹介されています。

Serial-Cloner 削除/引用
No.1045-4 - 2011/10/11 (火) 16:54:20 - mon
このフォーラムで教えていただきましたが、Serial-Clonerが高機能でfreeです。
もっとも私はGene Construction Kit(市販品)を古くから愛用しています。
どちらも、Mac,Win版があります。
DNA striderも愛用していますが、LION(MacOS10.7)に対応していません。orz...

追加します 削除/引用
No.1045-3 - 2011/10/11 (火) 14:35:16 - シリウス
MACユーザーでしたら、有名な「DNAStrider」が使えますよ。

ネットで検索して下さい。

最近、めっきりWINユーザーになってしまったので、失念していました。

ご参考になれば、幸いです。

(無題) 削除/引用
No.1045-2 - 2011/10/11 (火) 13:16:17 - シリウス
>塩基配列とアミノ酸配列を上下に並行してアラインメントした資料があると便利だと思いますが、塩基配列を入力するだけで自動でそのようなファイルを作製できるツール(PCソフト・ウェブツールなど)などありませんでしょうか?

塩基配列とアミノ酸配列を上下に並行して表示できます。どうでしょうか?

http://web.expasy.org/translate/

お役にたてば、幸いです。

塩基配列・アミノ酸配列を同時表示できるツール? 削除/引用
No.1045-1 - 2011/10/11 (火) 12:31:38 - nigo
プライマー設計する時などに、
塩基配列とアミノ酸配列を上下に並行してアラインメントした資料があると便利だと思いますが、
塩基配列を入力するだけで自動でそのようなファイルを作製できるツール(PCソフト・ウェブツールなど)などありませんでしょうか?
現状、そのような資料を手打ちですべて作製しています。

・一定の塩基数間隔で改行
・一部の配列をラベル(アンダーライン・フォント・注釈など)
・ファイルエクスポート
・プリントアウト
などの機能付きだと、なおいいと思います。

ご存じの方おられましたら、
ご教示いただけないでしょうか?
よろしくお願いいたします。

5件 ( 1 〜 5 )  前 | 次  1/ 1. /1


パスワードを入力してチェックした記事を チェックした記事を

このトピックにメッセージを投稿する
名前 
メール   アドレス非公開
   タイトル 
本文      
設定  クッキーを保存(次回の入力の手間を省けます)
上に上げない(トピックの一覧で一番上に移動させません)
解決(問題が解決した際にチェックしてください)
暗証  半角英数字8-12文字の暗証番号を入れると、あとで削除、修正ができます。
送信 

〔使い方〕
  • 「アドレス非公開」をチェックすれば、自分のメールアドレスを公開しないで他の方からメールを受け取れます。
  • 問題が解決した際には、解決ボタンをチェックして解決した旨のコメントをつけてください。これは、初めにトピックを作った人と管理人のみが可能です。
  • 半角カタカナ、機種依存文字(全角ローマ数字、○の中の数字等)は文字化けの原因となりますので使わないでください。