全4件 ( 1 〜 4 )　 前 | 次 　1/ 1. /1

(無題) 削除/引用 No.572-4 - 2009/05/26 (火) 11:30:07 - はんにゃ せっつ、つっち〜つっち〜つっち〜つっち〜つっち〜つっち〜つっち〜 ずくだんずんぶんぐん、つくだんすんぺんそん〜つくぽんそん、つくぷんすん、つくだんすんぶんぐんぐん

(無題) 削除/引用 No.572-3 - 2007/12/01 (土) 05:14:17 - おお ありがとうございました。その道でやっている人の意見をきけて、うれしいです。んー難しいもんですね。確かにNMRやっている人とかに話を聞くと、表面に出ていてRNAとかに結合する能力があるたんぱく質で、モチーフとして、保存されていても、どのようにRNAと結合するかという事については、いくらでも可能性が見いだせるといってたような気がします。 スーパーインポーズするとエネルギー的に安定性を計算してくれますが、それもあんまり当てにならないという感じのようにも取れますね。 今回興味があったのは新規たんぱく質で機能はいろいろ示唆されていますが、詳しくは分かっていません。ホモロジー的にはプロテアーゼににた構造を持っていますが、活性中心が保存されていないといった状態でプロテアーゼではないだろうと思われます。 ここで活性中心が保存されていて、プロテアーゼ活性が何らかの形で見いだせるのであれば、細かい原子的なレベルはさておき、スーパーインポーズで帰ってくるようなフォールディング(へリックスとかベターシートがどのように空間的に配置されているか)をしているのだろうなとも思うのですが、今回の場合そうではないのでスーパーインポーズでしめされるホールディングのパターンがどこまで信憑せいあるのか、それを何か評価できないかなと思ったわけです。 こういう構造は、燐酸化部位とかモチーフがあっても内部にあるなら、可能性が低いですし、その様な振り分けに使えないかなと思ったわけです。

(無題) 削除/引用 No.572-2 - 2007/11/30 (金) 17:20:00 - E 以前X線結晶構造解析をやっていたものです。 いわゆる構造予測のことを言っているのだと思いますが、自分が 最終的に解いたある蛋白質の構造とそれ以前に既知の構造（相同性の 高い構造がいくつも解かれていました）と自分の蛋白質のアミノ酸 配列から予測された構造を比べたことがありますが予測された 構造は何らかの議論が出来るレベルではありませんでした。 ５年ほど前の話ですが現在もまだそれほど技術が進歩したとは 聞いていません。ですから「確からしさ」という質問の答えには なっていませんが少なくとも原子レベルでの議論はもちろん詳しい 議論の出来るレベルではありません。例えば分子のどの辺りにどの アミノ酸側鎖が来るだろうとか言えるのはそのレベルの話だと思います。

たんぱく質の3次構造予測 削除/引用 No.572-1 - 2007/11/28 (水) 10:52:03 - おお 例えばあるたんぱく質のアミノ酸配列が、ある構造を取るファミリーに似ていて、そのファミリーのいくつかが結晶やNMRなどの解析で構造が分かっていた場合、そのたんぱく質の3次構造が予測できると思います。このとき、この予測の確からしさをどのように評価すればいいでしょうか。

全4件 ( 1 〜 4 )　 前 | 次 　1/ 1. /1

パスワードを入力してチェックした記事を

チェックした記事を

---