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primer3でのprimer トピック削除
No.52-TOPIC - 2007/08/11 (土) 00:58:42 -
まわりに同じような研究をしている人が全くいないので、いつもお世話になってます。

さて今回、自分でreal time RT-PCR用のprimerをつくりたいのですが、
Primer 3の使い方がいまいちよくわかりません。
よくわかるサイトがあれば教えてください。
また作り方のこつなどあれば、教えていただきたいのですが・・・・

同じような実験をしている文献をさがしましたが、
real time RT-PCRしている文献はみつかりませんでした。

RT-PCRしている文献はありましたが、productのサイズが大きいなど、real time PCRには向かないprimerでした。

いろんなサイトもあたってみましたが、みつかりませんでした。
扱っているのはラットです。humanとかマウスならみつかるのですが・・・・

よろしくお願い致します。
 
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(無題) 削除/引用
No.52-5 - 2007/08/14 (火) 19:21:19 - a
>[Re:4] 通りすがりさんは書きました :
> こちらが使いやすくて良いですよ。
> アクセッションナンバーを入れるだけで、プライマー・プローブの
> デザインをしてくれますし、BLASTサーチやイントロンスパニングも
> やってくれます。
> ベースはPrimer3なので、デザインした後の色々な確認も同時にやってくれる
> というものです。
> 値段もTaqManプローブなのに、非常に安く出来るのがいいです。
>
> http://www.roche-biochem.jp/products/genomics/upl/upl-intro/index.html

TaqManようなので、やはりSYBR用には向いていない気がします。幾つか試してみましたが、5'側にcandidateが偏る、PCR product sizeがちょい短いのでプライマーダイマーとmelting

(無題) 削除/引用
No.52-4 - 2007/08/14 (火) 13:53:56 - 通りすがり
こちらが使いやすくて良いですよ。
アクセッションナンバーを入れるだけで、プライマー・プローブの
デザインをしてくれますし、BLASTサーチやイントロンスパニングも
やってくれます。
ベースはPrimer3なので、デザインした後の色々な確認も同時にやってくれる
というものです。
値段もTaqManプローブなのに、非常に安く出来るのがいいです。

http://www.roche-biochem.jp/products/genomics/upl/upl-intro/index.html

(無題) 削除/引用
No.52-3 - 2007/08/11 (土) 01:22:47 - 10138
↓こんなんですか??

http://www.takara-bio.co.jp/rnai/pdfs/rnai10-2.pdf#search='Primer3 リアルタイム'

http://www.takara-bio.co.jp/prt/pdfs/prt1-2.pdf#search='Primer3 リアルタイム'

primer3でのprimer 削除/引用
No.52-1 - 2007/08/11 (土) 00:58:42 -
まわりに同じような研究をしている人が全くいないので、いつもお世話になってます。

さて今回、自分でreal time RT-PCR用のprimerをつくりたいのですが、
Primer 3の使い方がいまいちよくわかりません。
よくわかるサイトがあれば教えてください。
また作り方のこつなどあれば、教えていただきたいのですが・・・・

同じような実験をしている文献をさがしましたが、
real time RT-PCRしている文献はみつかりませんでした。

RT-PCRしている文献はありましたが、productのサイズが大きいなど、real time PCRには向かないprimerでした。

いろんなサイトもあたってみましたが、みつかりませんでした。
扱っているのはラットです。humanとかマウスならみつかるのですが・・・・

よろしくお願い致します。

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