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ゲルシフトのシフトがスメアーに トピック削除
No.2650-TOPIC - 2009/01/14 (水) 15:24:51 - EMSA
ゲルシフトをやっています。現像してみると、目的のDNAのレーンの一部分にシフトらしきスメアー状のものが写っていました。そのほかのDNAにはみられません(ほとんどもしくは薄い)。何度かやってみたのですが、必ずそのレーンだけそのスメアーが濃く出ます。これはタンパクが結合したと考えてよいものでしょうか?またタンパクとしたらどうやったらもっとクリアーになるんでしょうか?教えてください。
 
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(無題) 解決済み 削除/引用
No.2650-7 - 2009/01/15 (木) 15:18:29 - EMSA
ありがとうございました。参考になりました。高濃度ゲルでまずやってみます。

(無題) 削除/引用
No.2650-6 - 2009/01/14 (水) 19:30:53 - おお
>[Re:5] EMSAさんは書きました :
> おおさん、ありがとうございます。参考になります。担当教官にもゲルの濃度を上げたらどうかとのアドバイスをいただいているので、まずそれからやってみようと思います。スーパーシフトについても検討します。ちなみに出くわしたデーターについては解決したんでしょうか?差し障りなければお教えください。

いちど、載せるボリュームを半分に減らして解決したことが
ありますが、出くわしたというのはそのほかにたまに論文で
見るということです。

ありがとうございます 削除/引用
No.2650-5 - 2009/01/14 (水) 18:13:32 - EMSA
おおさん、ありがとうございます。参考になります。担当教官にもゲルの濃度を上げたらどうかとのアドバイスをいただいているので、まずそれからやってみようと思います。スーパーシフトについても検討します。ちなみに出くわしたデーターについては解決したんでしょうか?差し障りなければお教えください。

ありがとうございます。 削除/引用
No.2650-4 - 2009/01/14 (水) 18:05:24 - EMSA

(無題) 削除/引用
No.2650-3 - 2009/01/14 (水) 17:37:39 - おお
あと、反応溶液の塩濃度かな、加えて容量を減らして、
幅の広いこ-ムを使うといいかもしれません。

(無題) 削除/引用
No.2650-2 - 2009/01/14 (水) 17:35:17 - おお
解決法があるのかどうかというと、よく分かりませんが、
たまにそういうデーターに出くわします。
まずは一度スーパーシフトをされるといいかと思います。
マルチプルなバンドがありスメアになっているのか、
それともDNAの分解なのか、、、、、

そうなる可能せいの一つとしてDNASEが潜んでいる可能性が
ありますので、もしかしたら総合的にそれに対して
対処するといいのかもしれません。
温度、反応時間、溶液中のEDTAなど。

シフトのサイズやプローブの大きさによりますが、
若干ゲルの濃度を上げてみるとどうでしょうか、

ゲルシフトのシフトがスメアーに 削除/引用
No.2650-1 - 2009/01/14 (水) 15:24:51 - EMSA
ゲルシフトをやっています。現像してみると、目的のDNAのレーンの一部分にシフトらしきスメアー状のものが写っていました。そのほかのDNAにはみられません(ほとんどもしくは薄い)。何度かやってみたのですが、必ずそのレーンだけそのスメアーが濃く出ます。これはタンパクが結合したと考えてよいものでしょうか?またタンパクとしたらどうやったらもっとクリアーになるんでしょうか?教えてください。

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