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ChIPのチップ トピック削除
No.2531-TOPIC - 2008/12/20 (土) 03:37:58 - tx
ChIP解析を始め、種々の条件検討（抗体の選抜や、ソニケーションを行う機器及び時間）を行ってきました。抗体は極めて特異的に目的因子を沈降させることができます。また、ソニケーションも500から1000bpの範囲にうまくできております。プライマーセットもプロモーターをスキャニングすることにより、ベストのものを選抜しました（私の扱ってる因子が当該プロモーターに結合することは既報です）。しかしながら、PCR後コントロール（野生型：タグ無し）と比較し、1.5倍程度しか濃縮が認められません。リピート出来てるので良いと言えば良いのですが、何とかコントロールのノイズを下げたいと思っています。皆様のアイデアや知識をお借りできれば幸いです。宜しくお願い致します。
　
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(無題) 削除/引用
No.2531-3 - 2008/12/21 (日) 14:45:40 - fish
バックはアガロースから磁気ビーズにすることで
劇的に改善したことがあります。

ご参考までに。

バッファー 削除/引用
No.2531-2 - 2008/12/20 (土) 03:57:32 - tx
IP及びIP後のウォッシュは以下のバッファーで行っています。
20 mM Tris, pH 7.5
150 mM KCl
2 mM MgCl2
0.05% SDS
1% Nonidet-P40

ChIPのチップ 削除/引用
No.2531-1 - 2008/12/20 (土) 03:37:58 - tx
ChIP解析を始め、種々の条件検討（抗体の選抜や、ソニケーションを行う機器及び時間）を行ってきました。抗体は極めて特異的に目的因子を沈降させることができます。また、ソニケーションも500から1000bpの範囲にうまくできております。プライマーセットもプロモーターをスキャニングすることにより、ベストのものを選抜しました（私の扱ってる因子が当該プロモーターに結合することは既報です）。しかしながら、PCR後コントロール（野生型：タグ無し）と比較し、1.5倍程度しか濃縮が認められません。リピート出来てるので良いと言えば良いのですが、何とかコントロールのノイズを下げたいと思っています。皆様のアイデアや知識をお借りできれば幸いです。宜しくお願い致します。
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