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なぜ、TFA? トピック削除
No.253-TOPIC - 2007/09/28 (金) 01:28:25 - お馬鹿さん
タンパクやペプチドをHPLCで測定する時、何でTFA/アセトニトリル系が多いの?
 
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(無題) 削除/引用
No.253-9 - 2010/02/08 (月) 16:44:01 - はぁ…。
最後の方、もっと勉強された方が良いのでは。
想像力の欠如は研究者にとって致命的かと。
どうしてとけるのか、とけるという状態でタンパク質やペプチドの一時構造にどういう変化が起こってるやもしれないと思いめぐらせることは
とても大事で致命的なことだと思いますよ。

TFA 削除/引用
No.253-8 - 2007/10/04 (木) 13:50:58 - HPLC
ええとさん、
ありがとうございます。ただ申し訳ないのですが、
今ではほとんど使わなくなったファイルキャビネットをひっくり返して探してましたが、
TFAを可溶化に使うその論文が見つかりません・・
確か、80年代後半のAnalytical Biochemだったと記憶しているのですが。
PubmedでもGoegleでも引っかからず
自分でも論文に特にひいたことはなかったので、手がかりが残ってません。
極度に難溶性の膜タンパクの電気泳動に関するものだったか、
TCAで沈殿させたタンパクを収率良く電気泳動するか、という話だったのか、
たぶん、それが主眼の論文ではないので、検索に引っかからないのかな。

ただ、確認することは容易です。良くやっていますが、
たとえば、有機溶媒で沈殿させて乾燥させたタンパクの沈殿を可溶化するとき、
また酸でもアルカリでもDMFなどで熱してもどうにも溶けないペプチドや、
あるいは大腸菌で発現させたinclusion bodyを可溶化したい、だけどSDSは入れたくないというとき、
100%TFAをそれらの乾いた沈殿にほんの少量加えると、魔法のように溶けます。
pIが4くらいのタンパクの沈殿でも溶けます。
極度に酸性のペプチドはやったことないですが、それはTFA使わなくても溶けそうですね。
ですから荷電とは関係ないのかな。
面白いのは、TFAを揮発させて再び乾燥状態にしても、
その沈殿は形状が変わってフィルムのようになっていて、
水を加えるとほとんどの場合、すんなり溶けるようになります。
ただpHをあげてくと沈殿ができてしまう場合もありますが。
TFAの不思議な作用です。TCAからClがFに変わっただけなのに、
作用が一見、全く逆に見えます。
もっともTCAは水に溶かさないといけないので単純に比較はできないですが。

そういえば、ギ酸は難溶性のペプチドのHPLCによく使われているようでしたね。最近、やってないので忘れてました。
試してみられたら面白いと思います。ただ、100%TFAは極度に危険で、一度、足に落としたことがあって、ほんの少量でしたが何ヶ月も痛みました。

(無題) 削除/引用
No.253-7 - 2007/10/04 (木) 00:12:24 - ええと
TCAではなく、TFAで蛋白質のサンプル調製ですね。
論文を拝見してみたいですね。TCAで蛋白質を変性により沈殿させた後、
アルコールなどで除去する手法は見慣れていますが、TFAでというのは
興味深いです。
ほとんどの、と書かれていましたが、酸性の蛋白質、ペプチドにおいても
TFAのみで溶解することは可能と思われますか?


もったいぶる訳ではありませんが、最低限自分で調べる事をせずに質問をする方が
多くなったように見受けられますね。このトピックもPubMedで簡単に調べられることです。
回答される方が時間を費やすのに対し、こういった質問の仕方はどうだろう?と
感じます。トピ主さんにこの点を理解してほしいので、詳細な回答は(今回は)避けますが、
HPLC分析におけるTFAの添加の主目的は可溶化ではありません。
また現在でもHPLC、LC/MSを用いた分析ではギ酸を使用しますし(むしろTFAの添加を避けます)、たまに論文で酢酸を使う例をみることもあります。(現在では非常に稀です)
TFAを用いる最大の理由はカラムの担体とのインタラクションを改善するためです。
さらにLC/MS分析に用いる場合は別の理由が加わります。

ええとさんへ 削除/引用
No.253-6 - 2007/10/03 (水) 22:55:20 - HPLC
マナーにはあまり興味がないんですが、
TFAの作用について詳しく教えていただけませんか?
100%TFAはほとんどすべてのタンパクの沈殿を溶かします。
こういう意味では強力な可溶化試薬といえるでしょう、違ってます?
TFAはSDSで可溶化できないような膜タンパク質をSDS-PAGEするのに
昔から使われてきました。文献が必要なら探して出します。
もちろん、100%TFAをほんの少量加えて溶かした後で
風乾してpHを中性にしてアプライするわけです。
この作用の理屈として、lysとイオンペアを作るからというのがどこかに書いてありました。
ただ、確かに、ではなぜそれで強力な可溶化力が出るのか良く理解できません。

さらにその昔は、確か、ギ酸や酢酸がタンパク質科学の分野では使われてきました。それがHPLCでTFAに置き換わったのは、TFAの可溶化力の所為かなと信じてましたが、違うんでしょうか?

(無題) 削除/引用
No.253-5 - 2007/10/03 (水) 09:47:59 - ええと
TFAは可溶化剤ではありませんよ。
Lysineに限ったものでもありません。
マナーを知らない方にでも、間違った情報はよくないと思うので。

(無題) 削除/引用
No.253-4 - 2007/10/02 (火) 21:28:26 - HPLC
多分、なぜ精製などには使わないのに
HPLCなどでは使うか、でしょうか。
私も昔疑問に思ったことがあります。
少なくとも、TFAはタンパクのもっとも強力な溶媒だからです。
物理化学的に正確な表現かどうかは知りませんが、
Lysとイオンペアを作ることでTFAはほとんどすべてのタンパクを可溶化します。
多分、100%TFAで溶けないタンパクやペプチドは、それらがLysを含んでいる限り無いのではないかな。 
アセトニトリルについては諸説聞いたことありますが、
どれが正しいのかよくわかりません。

(無題) 削除/引用
No.253-3 - 2007/09/28 (金) 08:50:09 - ~
その系で測定できるから

(無題) 削除/引用
No.253-2 - 2007/09/28 (金) 03:19:43 - ?
正しい質問の仕方をご存知でしたらお役に立ちたいところですが。

なぜ、TFA? 削除/引用
No.253-1 - 2007/09/28 (金) 01:28:25 - お馬鹿さん
タンパクやペプチドをHPLCで測定する時、何でTFA/アセトニトリル系が多いの?

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