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(無題) 削除/引用 No.2480-10 - 2008/12/16 (火) 07:48:51 - おお >[Re:9] あべちゃんさんは書きました : ｷﾀ━━━━(ﾟ∀ﾟ)━━━━ｯ!! > BisTrisの系でも同じことがいえると思いますので、追記させていただきます。 どうやら、シャープなバンドが出るということと、 あまりトラブルを聞かないので、SDSなしに変えても あまり悪いことが起こらならそうなので、しばらく 抜いてみて様子を見ようかと思います。 ありがとうございました。

(無題) 削除/引用 No.2480-9 - 2008/12/15 (月) 20:34:00 - あべちゃん SDSさんと同じなので、書き込みしませんでした。 と、いいますか、SDSさんの引用された論文、知りませんでした。勉強になりました。 BisTrisの系でも同じことがいえると思いますので、追記させていただきます。 BisTrisでSDS-PAGEを始めた頃、ゲルにSDSを入れないプロトコルに初めて出会いました。 本当にそれでよいのか疑問に思い、SDSあるなしで泳動しました。 特定の蛋白質ではなくCBBでwhole cell extractの泳動パターンを比べた結果、SDSがない方が明らかにバンドがシャープでした。 Laemmli先生のSDS-PAGEで、SDSフリーを試したことがないです。 少し話が逸れてしまい、BisTrisの宣伝のみたくなってしまいますが。 あと、Laemmli先生のSDS-PAGEでは、pH8.8 Tris-HCl系を使います。アミド結合はアルカリ性や酸性条件下で、加水分解反応が起こります。もちろん、アミド結合の加水分解反応はかなり強い条件でしか起こりませんが、前後のアミノ酸残基によっては、穏和なアルカリ性や酸性で加水分解を受ける可能性はあります。 一方、BisTrisは分離ゲル/スタックゲルともに中性条件ですので、加水分解の可能性はより低くなると考えられます。 さらに、invitrogen社のNuPAGEという製品（BisTris系）の紹介文で、アクリルアミドも中性バッファーを使っており、加水分解を受けないから、長期保存できると書いてありました。

(無題) 削除/引用 No.2480-8 - 2008/12/14 (日) 12:27:51 - 名無し 市販の既製ゲルはたいていSDSなしと思う。SDS-PAGEにもnative-PAGEにもどちらにも使えますと書いてあったから。

(無題) 削除/引用 No.2480-7 - 2008/12/14 (日) 11:46:56 - おお スタッキングゲルも分離ゲルと同じというのもあるのですね、、、 そういえばBISトリス系はそんな感じだったかもしれません。 この辺が得意そうなあべちゃんさんが登場しませんね、、、、

(無題) 削除/引用 No.2480-6 - 2008/12/12 (金) 22:03:48 - SDS ２２さんへ そんなはずはないといわれたら、SDSを入れない方が分離が良くなるということは、Garfin, D. E. Methods Enzymol.(1990) 182,425-441 に書いてありますといってください。ついでに、upper gelのpHと分離ゲルのpHを同じpH8.8、同じbuffer濃度にしたほうがいいというのも、この中で彼が書いてます。こちらは分離は変わりませんが、トラブルは減るし、長期保存できるようになります。いまはこちらのほうが普通かな。でも彼がこういう事を言い出すまでは、どこでもupperゲルはpH6.8で、分離ゲルも違うbuffer濃度にして使用数時間前に作ってました。ときどき妙なトラブルが起きて、大事なサンプルの泳動を失敗して、泣きたくなったこともあります。

(無題) 削除/引用 No.2480-5 - 2008/12/12 (金) 19:14:33 - ２２ 自分の研究室では、ゲルを自作しています。 分離が良くない場合に ゲル中のSDSの量を増やすように指導され作製しています。 ですが、ゲル中にSDSがあった方が　 分離がキレイにいくといわれたものの　あまり改善されたように感じていませんでした。 そんなときに　ゲルにSDSを入れない方が分離が良いとのことで驚きました。 何となく読んでいて　この書き込みに出会えました。 参考にさせて頂きますので　ありがとうございます。 最後になりましたが　トピックに関する書き込みで無くて失礼いたしました。

(無題) 削除/引用 No.2480-4 - 2008/12/11 (木) 15:19:02 - おお >[Re:3] SDSさんは書きました : > もう一つ、SDSはゲルの中に入れない方がバンドの分離が良くなります。 実はそんな気がちょっとしてました。

(無題) 削除/引用 No.2480-3 - 2008/12/11 (木) 13:27:49 - SDS もう一つ、SDSはゲルの中に入れない方がバンドの分離が良くなります。 サンプルバッファー中のSDSもあまり濃度を上げると分離が悪くなります。 実際にside-by-sideでやればわかりますよ。

(無題) 削除/引用 No.2480-2 - 2008/12/11 (木) 09:51:16 - EcoRI 特に比べた訳ではありませんが、 当方では、ゲルにSDSは入れない処方です。 というのは、陰イオンであるドデシル硫酸(DS)イオンは、電気の流れに従って、 陰極から陽極に移ろうとしますから、ゲルにDSイオンが入っていきます。 ですから、DSイオンがゲルに供給され、 タンパク質のDS化(?)は維持され、泳動はworkすると考えられるからです。 あと、ゲルにSDSを入れない場合、溶液作製の脱気の際に、やたらに泡が立たない という、小さなメリットがあります。

SDSPAGE by SDS free in GEL 削除/引用 No.2480-1 - 2008/12/11 (木) 02:46:01 - おお SDSPAGEでインビトロジェンなど、SDSフリーのゲルを売っています。 電気えいどうそうのバッファーにSDSをいれるとSDSPAGE、いれないと ネイティブの電気えいどうができるということですが、ゲルにSDS入りと SDSフリーでえいどうバッファーにだけSDSをいれるのと比べて どうなのかなと思ったのですが、比べたりしたかた、いますでしょうか。

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