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ランプの交換時期について トピック削除
No.2465-TOPIC - 2008/12/09 (火) 07:15:14 - PCR
現在リアルタイムPCRを使用してmRNA発現の変化を確認しています。
同様な研究者が同じラボにいるのですが、この機械のことで少し問題が発生してしまいました。
当方はTRIzolからRNAを精製し、Rundom Primer用いてRT後にrealtime PCR (Taq)を行なっていますが、以前から変わらず反応曲線が得られているので、機械自体に問題はないと思ってるのですが、
別の研究者は何回か反応曲線が得られないという理由で、蛍光ランプが故障しているというクレームをつけ、さらには当方の実験結果に関してもクレームをつけてきました。
その研究者いわく、反応曲線が立ち上がる以前のサイクル数において、非特異的な反応が見られていることを根拠にあげていましたが、このような反応でランプの交換時期を判断できるのでしょうか?
この反応自体は、私の(数少ないですが)経験上、間違ったプローブを入れたり入れ忘れたりしても確認できますし、Ct値の計算上はthreshold以下に設定されるため、問題ないと思うのですが・・・
ここで質問なのですが、どのようになればランプの交換時期といえるのでしょうか?
ちなみに、ソフトにあるstatus checkでは問題なしと出ました。
 
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No.2465-5 - 2008/12/10 (水) 12:25:32 - おお
なぜ、あなたの実験系に支障がないのに、ほかのヒトのための
確認や、チェックをしないといけないのでしょうか、、、
おそらくソフトでのチェックでほぼOKだとおもいます。
おそらく光の強度などを測っているのだと思います。
念のためにソフトでOKでも、取り換えた方がいい場合
があるかどうか、ソフトのアウトプットは実際に
何が反映されているのかとかメーカーに聞いておくと
いいかもしれません。
わたしはデモぐらいでしか見たことがないですが、
立ち上がる前は(スケールのとりかたにもよりますが)
結構上がったり下がったりを繰り返し、不安定な状態
であるのを見たことがよくあります。
もしそれをランプが弱ってきて光の強度がふらついている
ように見えるというならば、ソフトのチェックで、
直接強度をアウトプットしているならばそれが見れるはずです。

ま、今度難癖をつけてきたら、私の方は再現せいよくいっていますので、
もしご不安なら、ご自身でメーカーに問い合わせて、
必要であれば交換の手続きを取ればどうでしょうか?
といってあげてください。

(無題) 削除/引用
No.2465-4 - 2008/12/10 (水) 10:10:09 - 免疫屋
同僚さんを納得させるためにも,メーカーの担当者にチェックしてもらうのが一番だと思いますね.

現在ランプを疑っておられますが,ソフト上で問題なかった結果をうけて次は検出器などを疑い始めるかもしれません.こうなるときりがありませんから,納得する結果を示すためにも.

あと,リアルタイムPCRマシンによっては(ほとんどそうかな?),検出する蛍光の種類を指定するものもあったと思うのですが,同僚さんが使われている蛍光と検出する蛍光が一致しているか確認してみても良いかもしれません.

(無題) 削除/引用
No.2465-3 - 2008/12/09 (火) 19:03:51 - 道民
これはソフトのチェックを信じていいとおもいます。蛍光ランプは暗くなってしまいには切れるだけなので、壊れようもない簡単なチェック機構です。

(無題) 削除/引用
No.2465-2 - 2008/12/09 (火) 18:00:30 - ザンギ
>どのようになればランプの交換時期といえるのでしょうか?

ハードウェアの特性に依存する質問なので、標準物質で再現よく検出できなければ代え時としか答えようがないですが、それが求めてる回答ですか?

まぁ、困る同僚は何処行っても居ますから...

ランプの交換時期について 削除/引用
No.2465-1 - 2008/12/09 (火) 07:15:14 - PCR
現在リアルタイムPCRを使用してmRNA発現の変化を確認しています。
同様な研究者が同じラボにいるのですが、この機械のことで少し問題が発生してしまいました。
当方はTRIzolからRNAを精製し、Rundom Primer用いてRT後にrealtime PCR (Taq)を行なっていますが、以前から変わらず反応曲線が得られているので、機械自体に問題はないと思ってるのですが、
別の研究者は何回か反応曲線が得られないという理由で、蛍光ランプが故障しているというクレームをつけ、さらには当方の実験結果に関してもクレームをつけてきました。
その研究者いわく、反応曲線が立ち上がる以前のサイクル数において、非特異的な反応が見られていることを根拠にあげていましたが、このような反応でランプの交換時期を判断できるのでしょうか?
この反応自体は、私の(数少ないですが)経験上、間違ったプローブを入れたり入れ忘れたりしても確認できますし、Ct値の計算上はthreshold以下に設定されるため、問題ないと思うのですが・・・
ここで質問なのですが、どのようになればランプの交換時期といえるのでしょうか?
ちなみに、ソフトにあるstatus checkでは問題なしと出ました。

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