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RNA抽出におけるOD260/280値 トピック削除
No.139-TOPIC - 2007/08/30 (木) 22:35:11 - iga
非常に初歩的な質問なのですが、教えてください。
RNAの抽出を行い、さいごにDEPC処理水で溶解して濃度測定を行った際にOD260/280が1.4前後と非常に低い値になってしまいます。
原因はDEPC処理水にあるようで、
@私がラボに入る前からあったもの
AinvitrogenのDNase/RNase/Pyrogen-freeのもの
B自分で作製したもの
をしようした際、@のみ1.8<になり、他は1.45>の値を示しました。
@はどなたが作製したのかも分からなく確認不可能な状態で残量も残りわずかです。
pHはA:7.15、B:8.50でした。(@は量が少ないので測定不可能)
抽出法は、日本ジーンのISOGENを用いたAGPC法でプロトコール通りに行いました。最初はhomoginaze→Chloroform添加→遠心後にPhenol/Chloroformで3回ほど洗っていましたが大差がない上収率が低下したので止めました。
非常に基本的なことでお恥ずかしいのですが何か知っていることがあったら教えてください。宜しくお願いします。
 
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(無題) 削除/引用
No.139-3 - 2007/08/31 (金) 10:30:42 - iga
7878さん

レスありがとうございます。
DNase処理は行っていませんでした。実験を濃度測定とRNAの電気泳動でとめてしまっていたので、PCRを行い、ゲノムDNAの混入がないか確認してみます。
 また、希釈液をpHを合わせたもので測定してみます。

(無題) 削除/引用
No.139-2 - 2007/08/31 (金) 08:06:02 - 7878
プロトコルにはDnase処理が記載されてませんが,DNAのコンタミはないですか?
他にもタンパクなどのコンタミがあると280nmの吸光度に影響します。
また,pHもratioに影響しますので,正確に計りたい場合は中性溶液(Tris bufferなど)で希釈して測定したりします。

以下のスレッドも参考にしてください。
http://www.kenkyuu.net/cgi-biotech/biotechforum.cgi?mode=view;Code=666
http://www.kenkyuu.net/cgi-biotech/biotechforum.cgi?mode=view;Code=2824

RNA抽出におけるOD260/280値 削除/引用
No.139-1 - 2007/08/30 (木) 22:35:11 - iga
非常に初歩的な質問なのですが、教えてください。
RNAの抽出を行い、さいごにDEPC処理水で溶解して濃度測定を行った際にOD260/280が1.4前後と非常に低い値になってしまいます。
原因はDEPC処理水にあるようで、
@私がラボに入る前からあったもの
AinvitrogenのDNase/RNase/Pyrogen-freeのもの
B自分で作製したもの
をしようした際、@のみ1.8<になり、他は1.45>の値を示しました。
@はどなたが作製したのかも分からなく確認不可能な状態で残量も残りわずかです。
pHはA:7.15、B:8.50でした。(@は量が少ないので測定不可能)
抽出法は、日本ジーンのISOGENを用いたAGPC法でプロトコール通りに行いました。最初はhomoginaze→Chloroform添加→遠心後にPhenol/Chloroformで3回ほど洗っていましたが大差がない上収率が低下したので止めました。
非常に基本的なことでお恥ずかしいのですが何か知っていることがあったら教えてください。宜しくお願いします。

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