全4件 ( 1 〜 4 )　 前 | 次 　1/ 1. /1

(無題) 削除/引用 No.987-5 - 2008/04/22 (火) 09:59:36 - けい TK-1さま、emaさま、ありがとうござます。 目的としては、ある刺激により活性化する転写因子に対して直接応答する遺伝子を同定したいと考えております。これまでも、マイクロアレイなどの解析はやれているらしいのですが、どこまでが直接的なターゲットなのかわかりません。 そのため、目的の転写因子でChIPを行い、直接作用している遺伝子を同定したいです。 ChIP-on-ChIPはこのような用途には不向きなのでしょうか？ また、ChIP-on-ChIPを受託した場合、一度でそれなりの結果が得られるのでしょうか？ それとも、このような目的なら、ChIPではなく、翻訳阻害薬剤とマイクロアレイを用いた解析のほうが良いのでしょうか？ Solexaに関して、調べてみたところ、イルミナが受託解析を始めたようです。また、ポストゲノム研究所でも別の機器による解析を行っているようです。 http://www.postgenome.jp/initia08.html http://www.illuminakk.co.jp/product/seqappli/SeqAppli_chipseq.shtml この辺を、使用したことがありましたら、感想等を教えていただければ幸いです。

(無題) 削除/引用 No.987-4 - 2008/04/21 (月) 21:07:57 - TK-1 Solexaのコストはgenome wideのChip-on-Chipに比べてかなり安いです。おそらく受託にしても、１サンプル100万なんてことはないでしょう。アメリカの場合ですが，ランニングコストは８サンプル単位で$1500以下という話です。ですので日本で受託にしても目の出る値段にはならないでしょう。 whole genomeでやる訳ですから，シークエンス量は20Mbpなんて物とは桁が違います。１ラウンド１週間程度です。そのあとの解析は、もっとかかるかもしれませんが。

機械があるかがすごく気になるんですが 削除/引用 No.987-2 - 2008/04/21 (月) 20:44:13 - ema 自分の使える範囲の研究室にどこまでの機器と資金があるでしょうか？ 次世代型シークエンサーとさらっと言いましたが、よく研究室あるようなシークエンサーで性能が良いものと思っているのでしたらまちがいです。 全シークエンスのため最低でも100時間以上のロードでハイスッペクな解析PCと解釈に専門家の力が必要です。受託にしろ自分でするにしろそれなりの金額が必要です。 アレイでCｈIP on ｃhipは、私自身は目的が合致してるのでしていますが、 オリゴアレイの既知配列での比較、変動を比べたいならよいかと思います。 まったくChIPによる未知の配列を発表したいなら当たり前ですが適しません。これもアレイスキャナーがあるのか受託にするのかによって変わってくると思うのです。

chip-on-chip　or　次世代型シークエンサー？ 削除/引用 No.987-1 - 2008/04/17 (木) 11:17:53 - ちっぷ いつも大変参考にさせていただいています。 ある転写因子が直接制御する遺伝子を網羅的に調べたく思い、 chip-on-chip（クロマチン免疫沈降後ゲノムアレイをかける）を試みたいと思うのですが、 どなたかすでにやられているという方はいらっしゃいませんでしょうか。 可能ならchip-on-chipの感想等を教えていただけないでしょうか？ また最近、次世代型シークエンサーというもので、ChIP後の免疫沈降されてきたDNA配列を網羅的にシークエンスしてしまい、ターゲット遺伝子を調べるというやり方もあるそうですが、こちらも詳しい方がいらっしゃいましたら詳細を教えていただけませんでしょうか？ 当方、ChIPを行った経験はありますが、アレイ等の大規模解析は経験がないため、その辺のことを教えていただけるとありがたいです。

全4件 ( 1 〜 4 )　 前 | 次 　1/ 1. /1

パスワードを入力してチェックした記事を

チェックした記事を

---