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primer3でのdefault parameterのカスタマイズ トピック削除
No.969-TOPIC - 2008/04/16 (水) 10:50:43 - うま
プライマー設計にprimer3を使っていますが、web siteを開くと出てくる
defaultのparameterを自分の好きなように変更したいと思っています。
どなたかそのようなことを行った方がいらっしゃいましたら、お教え
いただければ幸いです。よろしくお願いします。
　
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primer3plusとprimer3 input 0.4.0 削除/引用
No.969-6 - 2008/04/17 (木) 20:52:51 - うま
seaさん、統合草子さん
どうもありがとうございました。

primer3plusを試してみました。自分の設定ファイルを読み込ませれば、
そのようにparameterを設定できるので十分です。どうもありがとう
ございました。

ただ、primer3plusとprimer3 input 0.4.0では微妙にパラメータの種類が
違ってまして、そのためか、違うプライマーを拾ってきてしまっております。
「設定ファイル」自体はとても便利なのですが、primer3plusに移行するには
もう少し検討が必要なようです。

統合ＴＶ 削除/引用
No.969-5 - 2008/04/17 (木) 18:37:17 - 統合草子
ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)が発信する動画によるデータベースやウェブツールの使い方を解説している統合TVの番組で
「Primer3でPCR用のプライマーを設計する。（ http://togotv.dbcls.jp/20070824.html ）」
方法を紹介しています。

primer3のページを開いたらすぐに自分の意図する数値が出てくるというのは難しいですが、あらかじめ自分で設定したファイルを持っておけばそれをロードするだけですぐにプライマー設計に移ることができます。
上記の番組では、その方法についても解説していますので参考にしてみてください。

(無題) 削除/引用
No.969-4 - 2008/04/17 (木) 01:57:59 - sea
FAQによるとWebインターフェースではbatchモードは使えない、
ということです。そのようなニーズにはコマンドライン版をローカルに
インストールしてね、ということのようですね。

SourceForge.net: primer3 » Frequently Asked Questions
http://primer3.wiki.sourceforge.net/Frequently+Asked+Questions

Questions about using the Web interface

Can I use the Primer3 Web interface to design primers in "batch" mode?

No, our server would not be able to support the amount of computation necessary. The Primer3 command line version is specifically tailored to design primers in batch mode. See below on how to get the code.


あとはソースが開示されているようなので、自分で書き直して自分のweb
サーバーにインストールする、とか。

これ以上はリンク先を自分で読んでみてください。

primer3でのdefault parameterのカスタマイズ 削除/引用
No.969-3 - 2008/04/16 (水) 17:56:32 - うま
ご返答ありがとうございました。
僕の書き方が悪かったのかもしれませんが、僕がしたいことは、primer3のページを開いたときに、毎回、始めから出てくる値を変更してからプライマーの設計に入るのが面倒なので、ページを開いたら自分の意図する数値が出てくるようにしたいということです。
よろしくお願いします。

(無題) 削除/引用
No.969-2 - 2008/04/16 (水) 12:56:48 - ~
位置や長さ、Tmは全員変えていると思います。

私は、CGクランプ、Max Poly-X、GC%を変えたことはあります。

元のパラメーターで出てきたプライマーが増えるのかわからないのと同様に、
変更したパラメーターでどうなるのかは、やってみないとわかりません。

primer3でのdefault parameterのカスタマイズ 削除/引用
No.969-1 - 2008/04/16 (水) 10:50:43 - うま
プライマー設計にprimer3を使っていますが、web siteを開くと出てくる
defaultのparameterを自分の好きなように変更したいと思っています。
どなたかそのようなことを行った方がいらっしゃいましたら、お教え
いただければ幸いです。よろしくお願いします。
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