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プロモーターアッセイ
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No.939-TOPIC - 2008/04/09 (水) 10:13:14 -
とど
いつも勉強させていただいています。
今回、初めてプロモーターアッセイを行うことになり、いろいろ調べていると、primer extension、S1 mappingあるいはソフトなどを用いて、転写開始点を決めてからその上流の断片をベクターに入れてアッセイを行っているのが分かったのですが、ただ単に翻訳開始点の上流の断片をベクターに入れるのでは問題があるのですか?
数千bpも取れば転写開始点も入ってくるので問題ないように思うのですが・・・。
基本的な質問かもしれませんが、宜しくお願いします。
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No.939-2 - 2008/04/09 (水) 12:08:20 -
おお
翻訳開始点の上流、5'UTRにはRNAの安定性、翻訳効率などを制御する配列があるかもしれませんので、なるべくそういう配列を入れたくないと言うのが理由の一つとしてあるのではないかと思います。ただし、エンハンサーは第1エクソンにあったりとか、転写開始点より下流にあることもありますので、転写開始点上流で考えているリスポンスが無い場合は、下流も見ないといけないかもしれません。
プロモーターアッセイ
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No.939-1 - 2008/04/09 (水) 10:13:14 -
とど
いつも勉強させていただいています。
今回、初めてプロモーターアッセイを行うことになり、いろいろ調べていると、primer extension、S1 mappingあるいはソフトなどを用いて、転写開始点を決めてからその上流の断片をベクターに入れてアッセイを行っているのが分かったのですが、ただ単に翻訳開始点の上流の断片をベクターに入れるのでは問題があるのですか?
数千bpも取れば転写開始点も入ってくるので問題ないように思うのですが・・・。
基本的な質問かもしれませんが、宜しくお願いします。
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