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(無題) 削除/引用 No.89-3 - 2007/08/22 (水) 11:38:43 - Mendoza 結合サイトのコンセンサス配列の中にも、結合に決定的に重要な塩基とそれほどでもない塩基とがありますから、一概に幾つまで違っていても大丈夫とは言えるものではありません。 コンセンサス配列のどこに変異を導入すれば結合が失われるかということも、転写因子毎に事情は異なっているので一概には言えません。トライアンドエラーあるのみだということです。

(無題) 削除/引用 No.89-2 - 2007/08/22 (水) 07:44:30 - 通りすがり >どの程度の違いまで許されるのでしょうか？ 考え方がちょっとおかしいかもしれません、 いわゆる転写因子などの結合配列は vitroなどの実験でランダムオリゴなどに結合させて 統計的にもっとも多い頻度で現れたそれぞれの塩基を コンセンサス配列として出してるだけで 絶対にこの配列に結合するということではありません。 だから場合によっては全然違う配列でも結合してるときはありますし むしろvivoで100%コンセンサスと同じ配列に結合していることなどレアです。 通常は8塩基ぐらいだったらまあ vivoなら2,3塩基ぐらいまでは 違ってても全然OKでしょうね。 vitroの実験だと1塩基で結合しなくなることもありますが。 >また、Ｂｉｎｄｉｎｇ　ＳｉｔｅにＭｕｔａｔｉｏｎを入れるとき、どこの >ＳｅｑｕｅｎｃｅにどのようなＭｕｔａｔｉｏｎを入れるのが良いでしょうかお >分かりの方がいらっしゃったらお教え下さい。 おそらくEMSAかLuciferase assayなどかと思いますが、 同じ結合因子でやってる過去の論文などを探して参考にするか 最初にvitroなどの実験でコンセンサスを同定したときの論文 などがあれば参考になるでしょう。

転写因子Binding Site 削除/引用 No.89-1 - 2007/08/22 (水) 01:55:03 - KendoKa 始めて投稿します。 転写因子の研究をしておりますが素朴な疑問があります。プロモーター領域にある転写因子のＢｉｄｉｎｇ　ＳｉｔｅのＳｅｑｕｅｎｃｅ（私のはＡＡＡＧＧＴＣＡ）が１〜２塩基違っていてもＢｉｎｄｉｎｇ　Ｓｉｔｅとソフトウエアーが認識したり、論文が出たりしていますが、どの程度の違いまで許されるのでしょうか？ また、Ｂｉｎｄｉｎｇ　ＳｉｔｅにＭｕｔａｔｉｏｎを入れるとき、どこのＳｅｑｕｅｎｃｅにどのようなＭｕｔａｔｉｏｎを入れるのが良いでしょうかお分かりの方がいらっしゃったらお教え下さい。 合掌

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