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protein interaction database トピック削除
No.825-TOPIC - 2008/03/14 (金) 12:04:21 - protein interaction
Protein interactionのデータベースで最も多くのデータが登録されている公的(もしくは無料)のデータベースを教えてください。
ほ乳類のタンパク質で検索する予定です。
 
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No.825-5 - 2008/03/14 (金) 17:58:36 - zz
わたしの手には負えないので以下のページをノックしてください。

http://cydoc.sourceforge.jp/cydocwiki/

(無題) 削除/引用
No.825-4 - 2008/03/14 (金) 16:30:33 - protein+interaction
ありがとうございます。早速ダウンロードして試しています。

もう一つお伺いしたいのですが、マイクロアレイやプロテオーム解析のデータ(発現上昇、下降)のデータをプロテイン相互作用のデータとリンクさせる方法やソフトはありませんか?
それが出来ると解析の幅が広がるのですが。。。

(無題) 削除/引用
No.825-3 - 2008/03/14 (金) 14:09:32 - zz
ちょっと説明不足だったようですから、
cytoscapeは、相互作用ファイルのビュアーのようなもので、ファイルをダウンロードすると、相互作用ファイルとその在処が、一緒に解かると思います。
Cytoscape自体は、なかなか重いソフトです。

もう少し、普通の2次DBでstringなどは如何でしょうか。
http://string.embl.de/

(無題) 削除/引用
No.825-2 - 2008/03/14 (金) 12:55:42 - zz
サイトスケープとその関連するデータベースがあります。
当方、使いかたは解かりませんので、知っているかたを探してください。

http://www.cytoscape.org/

protein interaction database 削除/引用
No.825-1 - 2008/03/14 (金) 12:04:21 - protein interaction
Protein interactionのデータベースで最も多くのデータが登録されている公的(もしくは無料)のデータベースを教えてください。
ほ乳類のタンパク質で検索する予定です。

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