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(無題) 削除/引用 No.821-8 - 2008/03/15 (土) 14:12:52 - ダイゴ 私自身やってるわけではないですが、文献を見つけました。これだけではなく、他にもいくつかありましたので、探してみて下さい。 http://www.pnas.org/cgi/reprint/101/35/12986

(無題) 削除/引用 No.821-7 - 2008/03/15 (土) 12:51:46 - M rik様、りょう様 詳細なアドバイス、ありがとうございます。 ChIP自体が初心者ですし、まずは細胞株で検討してみます。

rikさんの意見とかぶりますが 削除/引用 No.821-6 - 2008/03/14 (金) 21:37:53 - りょう 技術的には組織由来でも可能でしょうが、染色時のように組織片をホルマリンに浸漬固定するような方法では無理でしょう。組織片表層側と中心部で固定具合に差が出ること・rikさんの御指摘と同じく固定しすぎるとDNA/蛋白が抽出できなくなることから。 もしやるとしたら組織をスライドガラスのザラザラの部分でこすり合わせたりして細胞をバラバラにして、メッシュに通した後、直ぐ固定するなど工夫が必要です。 しかし、調べたい転写因子は成体ラット肝臓を普通に取ってきた状態でターゲットＤＮＡに結合している割合はどれほどあるのでしょうか。培養細胞などでも何か刺激をした状態で固定してChIPすることが多いので、生体肝が材料として適切かは充分検討する必要があるのでは。肝癌系の細胞などで代替できればそっちの方が良さそうな気がします。

(無題) 削除/引用 No.821-5 - 2008/03/14 (金) 20:21:07 - rik なるほど肝臓ですか。 経験が無いのに無責任なことは言えないと思いつつ敢えて思うところを述べさせていただくと、肝臓なら細胞構成が「比較的」単純なのでインプット等々しっかりコントロールを取れば条件次第ではいけるかな、と。いけると言ってももちろん状況証拠的なので、何か結論付けるにはいずれにしても別角度からの検証は必要だと思います。そういう意味でも本当に肝組織そのものから直接ChIPをする必要があるのかよく検討された方が早道が見つかるかも知れません。すみません、実はそれほどChIP経験があるわけではないのに勝手なことを書いてしまいました。熟練者からのレスポンスが来るといいですね、頑張って下さい。

(無題) 削除/引用 No.821-4 - 2008/03/14 (金) 13:05:09 - M rik様 アドバイス有難うございます。 ラットの肝臓で、調べたいタンパクが複数の転写因子で調節されているため、どの因子が動いているかみたいのです。

(無題) 削除/引用 No.821-3 - 2008/03/13 (木) 20:48:53 - rik 組織によっては出来ないこともないかとは思いますが、、、 ChIPのためのホルマリン処理は数十分くらいが適当で、余り作用させすぎると今度は脱架橋が大変になってしまいます。組織全体が充分に固定されるころにはDNAとタンパクががっちり結合しすぎて解析が難しくなりそうに思います。出来ない事もない、と書いたのは例えば組織をカミソリでミンスするとかバッファー中でホモジナイズするなどしてある程度ホルマリンが浸透しやすい状態にしてあげれば良いかなと思ったからです。しかし、組織を使うというとはいろいろな細胞種が混在しているわけで、そもそもChIP解析に向いているのかなという疑問はあります。どのような実験をお考えでしょうか？

クロマチン免疫沈降法 削除/引用 No.821-1 - 2008/03/13 (木) 15:55:03 - M クロマチン免疫沈降法は、生細胞をホルマリン固定して行うのが一般的と思うのですが、動物組織を固定して行うことはできないのでしょうか？

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