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wnt関連遺伝子のクローニング トピック削除
No.796-TOPIC - 2008/03/08 (土) 00:19:03 - 初心者
いつもお世話になっております。

自分のテーマがWntの分泌系に関係するかもしれない事がわかったので、
関連遺伝子をRT−PCRでクローニングしたいと考えたのですが、
wntやwntlessようなものは通常の培養細胞でも発現しているのでしょうか。
ざっと論文を調べた限りではどうも発現していないようなのですが、、。

mouseのES細胞では発現しているのでしょうか。


初心者質問で申し訳ありません。
 
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(無題) 削除/引用
No.796-8 - 2008/03/11 (火) 11:50:50 - 初心者
たくさんのご助言ありがとうございます。

>at3さん

サイトのご紹介ありがとうございます。
確かWntを発見した先生のサイトですよね。ちょっと詳しく調べてみようと思います。

(無題) 削除/引用
No.796-7 - 2008/03/09 (日) 11:40:27 - at3
wikiのwntのページのリンクにもありますが、wntに関しては、このdatabaseが有用かと思われます。
http://www.stanford.edu/~rnusse/wntwindow.html

ざっと見たところ、どの組織で発現しているのかの情報はありますが、残念ながら細胞についてはわかりませんでした。

wnt関連のregentsの入手先はデータこちらです。
http://www.stanford.edu/~rnusse/assays/reagents.html


ボスがwntに詳しい人ではないのでしたら、ディスカッション相手を作る意味も含めて、どこかのラボにコンタクトをとって、cDNAを分けていただくのがベストかと思います。

(無題) 削除/引用
No.796-6 - 2008/03/09 (日) 10:11:09 - 初心者
失礼しました。

>T ×

>Tさん

です。

(無題) 削除/引用
No.796-5 - 2008/03/09 (日) 10:08:46 - 初心者
皆様ありがとうございました。

>ACさん

Wikiには発現情報等は載ってはいないようです。
ただ速攻でレスして頂いてありがとうございます。

>ポストポスドクさん

ありがとうございました。
ESでは若干発現している可能性があるということですか。
ただおっしゃる通りもう少し調べてみた方が良いですね。

>T

論文まで紹介していただきありがとうございます。
確かにマウスの胎児のtotal-RNAからRTやるのが最も近道だと思います。
ただ細胞系しか扱っていないラボでして、近くのラボにお願いして分けてもらう必要がありそうです。それだったらおっしゃる通りcDNAを購入した方がはやいかもしれませんね。

ヒトのも含めて身近な細胞からクローニングできれば気軽で良かったのですが。

(無題) 削除/引用
No.796-4 - 2008/03/08 (土) 14:04:47 - T
例えば MCF-7 という細胞が Wnt-5a を発現していたりという事はありますが、( http://nar.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/34/14/3988 ) そんな細胞を探して回るより普通にマウスやラットの胎児から RT-PCR すればいいと思います。

RT-PCR に慣れていなければ結構手間取ることも予想されるので、その分野の研究者に貰うか、お金があればクローンを買うかした方が結局は早道かもしれません。

Wikipediaのどこに発現情報が...? 削除/引用
No.796-3 - 2008/03/08 (土) 04:08:31 - ポストポスドク
ちゃんと質問を読んで回答することを心がけたいところです.

オープンなマイクロアレイデータベースは各所にあると思いますので,そういうのを参考にしてみてはいかがでしょうか.

私はデータベースの種類についてはあまり詳しくないので紹介まではできないのですが,とりあえず自分の利用しているデータベース(マニアックな細胞種ばかりのデータベースなので,あまり参考になると思えませんのであえてリンクは記載しませんが)では,Mouse ESにおけるWnt関係の遺伝子発現はのきなみ低いように見受けられました.

発現していないということを保証するものでもありませんが,たくさん発現している細胞から取りたいところですよね.

http://www.kenkyuu.net/genetool-02.html
にもいくつかデーバベースは紹介されていますし,他にもいっぱいあると思います.
詳しい方からのレス頂けると楽なのですが,まずは自分で探してみてはどうかと思います.

Re: 削除/引用
No.796-2 - 2008/03/08 (土) 00:35:29 - AC
「自分のテーマ」ということであれば、気合いが入りますね。
論文に目を通すのも良いですが、「初心者」ということなので
要領を得てない可能性もあります。とりあえず、掴みとして
ネット上の情報も参考になりますよ。Wikipediaとか。
情報を得るのに英語に拘る必要はないと思います。
http://ja.wikipedia.org/wiki/Wnt%E3%82%B7%E3%82%B0%E3%83%8A%E3%83%AB%E7%B5%8C%E8%B7%AF
ただし、Wikipediaの情報が正確という保証はないので参考程度に。
(それなりの確率で正確だとは思いますが。)

wnt関連遺伝子のクローニング 削除/引用
No.796-1 - 2008/03/08 (土) 00:19:03 - 初心者
いつもお世話になっております。

自分のテーマがWntの分泌系に関係するかもしれない事がわかったので、
関連遺伝子をRT−PCRでクローニングしたいと考えたのですが、
wntやwntlessようなものは通常の培養細胞でも発現しているのでしょうか。
ざっと論文を調べた限りではどうも発現していないようなのですが、、。

mouseのES細胞では発現しているのでしょうか。


初心者質問で申し訳ありません。

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