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(無題) 削除/引用 No.783-4 - 2008/03/05 (水) 15:13:40 - おお ショ糖がいちばん さま 粘性が問題なわけですね。勉強になりました。 昔のギブコのインフォメーションでグリセロール、sucrose、ficollを比べたものがあります。でficollが一番いいということでした。それによると濃度にも依存するようですね、特にグリセロール、sucroseは。1ベースペアーとまで行かないですがそれに近い解像度でDNAの電気へいどうをしてまして、バンドのインテンシティーを定量していますので、キレイなバンド(昔のシーケンスゲルのような)を出したいと思っているわけです。そういう意味でficollを使っています。確かにコストはかかりますね。 それでなんか実験室にもうこんなの使わないよと言うようなもので済ませないかなと思ったわけですが浅はかでした。ウレアはいいかもしれませんね。でも2本鎖緩んだりして、変なところにばんどが移動しないかな、、、

(無題) 削除/引用 No.783-3 - 2008/03/05 (水) 15:06:43 - 中年 無菌的な取扱いに気をつけずにsucroseベースのdyeを使っていたら、いつの間にかヨーグルトのような良い香りを発するようになってしまった経験があります。

(無題) 削除/引用 No.783-2 - 2008/03/05 (水) 14:22:28 - ショ糖がいちばん グリセロールがバンドを乱すというのは明らかにその粘性のためですよね。 粘性のためにウェルのしきりにそってメニスカスを作りやすく、両端にサンプルが分厚く乗るので、バンドがアレイ型、U字型になったり、両端がtailingしたりするわけですね。 Ficollは高密度の割に低粘度というのが売りですが、やはりかなり粘性が高いのでそれほどいいもんでもないと思います（効果耐費用からいっても）。さらに、PEGやPVAは非常に粘性が高いのでメリットがないと思います。 カビが生えやすい、でもオートクレーブでの滅菌はできないという問題さえなければ、低粘性でウェルの底に平らに乗ってくれるsucroseが一番いいと思います。それか、どこかで読んだのですが、尿素を重しに使うとか。尿素の変性作用でヌクレアーゼ等が強く阻害されるので、室温で長期間おいてもDNAサンプルが安定に保たれる（たとえばローディングバッファーに調製したマーカーとか）というメリットもあります。

ficoll 削除/引用 No.783-1 - 2008/03/05 (水) 13:29:21 - おお ficollはグリセロールやシュークロースにくらべて、核酸の電気えいどうのバンドを乱さないのでローディングバッファーによく使われますが、PEGとかPVAとか使えないかなぁとか漠然とアホなことを考えてます。

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