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(無題) 削除/引用 No.764-5 - 2008/03/05 (水) 14:54:02 - おお 網羅的解析では一つ一つのデーターに関してはいまだ検証がないと答えが出せない状況ですし、発表されたデーターはそれぞれ違う観点での実験というのもありますし、培養した細胞であれば、物によっては単一種と考えていい細胞もありますが、培養というバイアスがかかっているでしょうし、組織を取ってきたばあいは、例えば腎臓といっても多種の細胞からなりますし、還流していなければ血液も混じってます。 結論が出せないのではないでしょうか。よっぽど数をあつめて、ノイズを検出しカットしたりというアルゴリズムを作るならまだしも、それこそひと仕事ですし。 一番いいのは各種臓器のマーカーと言われるものを当たって、他の組織での発現を何らかの形でチェックしてみるとか、目のレンズであればクリスタリンとかその組織の特異的な特徴をもつたんぱく質を当たってみるとかだと思います。クリスタリンですら、種類によっては目のレンズ以外にも発現していたような気がしますよ。 あとは、ホールボディでin situとかしているデーターだとわかり易いかもしれませんが、それでは検出できなかった組織で重要な働きが見つかったりもしますし、その組織でシグナルが見られたとしても、その組織特異的な細胞が発現しているかホールボディin situではまず結論が出ないでしょうし。 と言う事で組織によってはたいへん難しいと思いますし、目的が分からないのでこれ以上のsuggestion自体が難しいです。

(無題) 削除/引用 No.764-4 - 2008/03/05 (水) 13:32:47 - KIO マイクロアレイの発現データは必ずしもあてにはならないと思います。 自分もほぼ同じ戦略で公開されているデータベースからマクロファージに高く発現しているものの単球を含め他の細胞では発現が低いと思われる分子を見つけRT-PCRで検証したところ全く異なる結果を得たことがあります。 まあうまくいったらおめでとう、ぐらいではないでしょうか？

(無題) 削除/引用 No.764-3 - 2008/03/04 (火) 22:48:43 - プリリン emaさん 有難うございます。早速、bodymapを見てみました。 東大の方が作られたサイトなのですかね？ 臓器の種類が少なめなのが残念です。 公開されているアレイの結果を見ているのですが、 発現の高いものが必ずしも「特異的」でないのが 悩みです。 なので、アレイの結果を臓器ごとに調べて比較をし、 目的の臓器で他の臓器よりも発現が高いものを ピックアップしてみてるのですが、イマイチで、 「特異的」と報告のあるものが候補になってなかったり。。 何か良い方法はないものでしょうか？

BODYMAP 削除/引用 No.764-2 - 2008/03/04 (火) 10:29:24 - ema BODYMAPと言う名称の検索サイトがあります。 ほかにもマイクロアレイ系の検索サイトで臓器、細胞種で検索をかけると結構ひっかかります。

臓器に特異的に発現している遺伝子検索 削除/引用 No.764-1 - 2008/03/02 (日) 20:05:43 - プリリン 肝臓や腎臓など、ある臓器に特異的に発現している遺伝子 （その臓器にのみ発現している遺伝子）を検索する よいツールがありましたら教えてください。

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