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(無題) 削除/引用 No.749-12 - 2008/03/06 (木) 13:44:51 - おお > > 返信ありがとうございます。 > イメージとしては認識に必要なCDR領域(のペプチド)の組み合わせ？ > みたいなものでしょうか？ > あ、そんな感じです。全く舌足らずですいませんでした。

ELISAでの阻害実験 削除/引用 No.749-11 - 2008/03/05 (水) 23:38:58 - おでん ぽすどく様 返信ありがとうございます。 1merレベルの一致はあります。ただ、その1merを含む他のペプチドでは阻害がかかっていません。 ところで、1-3merレベルのペプチドがエピトープとして認識される可能性はあるのでしょうか？ 自分はいろいろな文献を見る限り最低、4mer以上は必要かなという認識でいたのですが... 配列は一致しないが阻害がかかったペプチドでは（実は何種類かあったのですが）みな共通の4merの配列を有しています（上にも書きましたが、もとのペプチドとは1アミノ酸レベルで一致しています）。 この4merが原因だとは思うのですが... ところで電荷の質とか強度とかどのように調べたらよいのですか？ 等電点で評価して宜しいでしょうか？ あまりこういったアプローチの仕方をしたことがなく、 どういったデータベースを使えばよいか、宜しくお願いいたします。

ELISAでの阻害実験 削除/引用 No.749-10 - 2008/03/05 (水) 22:52:32 - おでん おお様 返信ありがとうございます。 イメージとしては認識に必要なCDR領域(のペプチド)の組み合わせ？ みたいなものでしょうか？ 確かに親和性は配列の一致しないペプチドを固定化したもの では目的のペプチドより低い値が得られています。 ペプチドの性質による固定化率の違いも考えられますが...

(無題) 削除/引用 No.749-9 - 2008/03/05 (水) 16:59:58 - ぽすどく 配列が一致しなくてもアミノ酸レベルの一致はあるのではないでしょうか． 単一のアミノ酸やその近辺2-3アミノ酸の配列を認識する可能性を考慮にいれた場合，阻害がかかるペプチドとかからないペプチドに法則性は見出せませんか？ （例：アルギニンを含むペプチドのみ阻害がかかる，RKを含む配列のみ阻害がかかるなど） また，配列が一致しないペプチドの荷電の質やその強度は他の物と同質ですか？

(無題) 削除/引用 No.749-8 - 2008/03/05 (水) 15:26:26 - おお こんな事を考えてます。抗体のエピトープ認識部位で目的のペプチドを認識するのに使われる抗体のアミノ酸ざんきのコンビネーションがあると思います。そのコンビネーションと違ったアミノ酸のコンビネーション(一部はオーバーラップしているかもしれません)でたまたま違うペプチドが認識できるとすれば、その結合能力の強さ次第では競合出来ても不思議ではありませんし、関係ない配列と言うのも説明がつくと思っていたわけです。しかしポリクロなら単一でない可能性を考えるとどうかなっと思いめぐらせていたわけです。

ELISAでの阻害実験 削除/引用 No.749-7 - 2008/03/05 (水) 15:08:54 - おでん おお様 返信ありがとうございます。 言葉が足らず、申し訳ありません。 抗体はモノクロです。 やはりそのペプチド自身がエピトープ部位に 目的のペプチドが結合するのを阻害すると 考えたほうが妥当なのでしょうか...

(無題) 削除/引用 No.749-6 - 2008/03/05 (水) 12:38:47 - おお >[Re:5] おでんさんは書きました : > > おお様 > 配列が全く一致しないそのペプチドをwellの底にくっつけ、 > ELISA実験を行うとペプチドの量に応じてシグナルが検出されます。 > 抗体がそのペプチドを認識する、もしくはペプチドが > そのエピトープ領域に結合するとしか考えられないのですが、 > 何故そうなるかの解釈に困っています。 > 全然違う抗体でELISAをしてもシグナルが検出されるのであれば、そのペプチドは抗原認識部位以外の場所に結合して、多分抗原認識部位の構造を変化させてるかなと思ったんですが、、ちょっとあり得ないかもしれませんね。でも、目的の抗原認識部位に近い部位に結合して(その抗体に特異的か、非特異かは分かりませんが)、競合阻害のときは、目的のペプチドとの結合を阻害してるかもしれません。 ポリクロですよね、、だと、たまたま抗体の認識領域にくっつくとしても完全に阻害がかかるのはある意味不思議ですね。

ELISAでの阻害実験 削除/引用 No.749-5 - 2008/03/03 (月) 23:12:55 - おでん おお様 返答ありがとうございます。 阻害の程度ですが、作成に使用したペプチド同様、 ガンガンに光っていたものが全く光らなくなります（抗ペプチド抗体 入れない場合と同程度）。 配列が全く一致しないそのペプチドをwellの底にくっつけ、 ELISA実験を行うとペプチドの量に応じてシグナルが検出されます。 抗体がそのペプチドを認識する、もしくはペプチドが そのエピトープ領域に結合するとしか考えられないのですが、 何故そうなるかの解釈に困っています。 16mer以下と短いにもかかわらず、 conformationが関係したりするのでしょうか... (比較する術を知らないのですが...)

ELISAでの阻害実験 削除/引用 No.749-4 - 2008/03/03 (月) 22:55:52 - おでん ats様 返答ありがとうございます。 一身上の都合によりHRPでなく、蛍光ラベル２次抗体を 用いています。 同じサブクラスの別の抗体を用いて、epitope認識に関係ない領域に ペタペタくっつかないことは確認しています。 やはり配列が全く一致しないペプチドが、 抗原epitopeに結合する線で考えるのが妥当でしょうか...

(無題) 削除/引用 No.749-3 - 2008/03/02 (日) 12:06:39 - おお その配列が全く一致しないペプチドでどれだけ強い阻害がかかるのでしょうか? 逆にそのペプチドをwellのそこにくっつけて、ELISAを行うとペプチドの量におおじてシグナルが出ますか?もしそうでないなら、抗体がそのペプチドを認識している以外のことが起こっていると思えます。

(無題) 削除/引用 No.749-2 - 2008/03/02 (日) 11:49:27 - ats なんともわかりませんが、 配列が全く一致しないペプチドが、抗原epitopeに結合する、 または、抗体のepitope認識に関係ない領域に結合して、それが二次的に抗原との結合を阻害するとか？ HRPを阻害するとか？

ELISAでの阻害実験 削除/引用 No.749-1 - 2008/02/27 (水) 22:53:23 - おでん 作成した抗ペプチド抗体の特異性を示すため、 構築したELISAの系で阻害実験をしています。 作成に使用したペプチドで当然、阻害はかかったのですが、 配列が全く一致しないペプチドでも阻害がかかるものが ありました。 使用したペプチドは16mer以下なのですが、 この場合どのような可能性が考えられるのでしょうか？ 解釈に困っております。 皆さんの知恵をお貸しください。 宜しくお願い致します。

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