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real time RT PCRに使うprimerについて トピック削除
No.72-TOPIC - 2007/08/17 (金) 09:54:15 -
real time RT PCRのprimerについて教えてください。

目的とする蛋白は同じような文献からみつけてきましたが、
内因性コントロール(ratのβ-actin)のprimerが適当なのがみつかりません。

Primer3などを使って自分で作ることもかんがえましたが、
きちんとできるか不安です。

文献をひくといくつかのっているのですが、
intronをはさまないprimerであったり、PCR productが400bpぐらいあったりして、本当に使えるのか不安です。

トップジャーナルにのっているのであれば大丈夫のような気もしますが、
 本に書いてある「Primer の作り方」の条件にはあいません。
 

みなさんはどうしていらっしゃいますか?教えてください。
 
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(無題) 削除/引用
No.72-4 - 2007/08/18 (土) 00:44:11 -
ありがとうございます。
もう少しさがしてみて、だめなら作ってみます。
やってみるしかないですね。

(無題) 削除/引用
No.72-3 - 2007/08/17 (金) 12:11:20 - R
通りすがりさんがおっしゃるように最終的にはやってみないとわからないと思います。ご自分が使用される機械や試薬でPrimer条件を最適化しないといけませんし。

他のトピックでPrimer-Bankなるものがあり
そのようなDate Bankから配列を得るのもいいかも知れません。

http://pga.mgh.harvard.edu/primerbank/

http://medgen.ugent.be/rtprimerdb/index.php

お金があれば、Primer合成会社にデザインしてもらえばいいと思います。
内在性コントロールのようなメジャーな遺伝子ならすでにいいデザインがあると思いますが。

また、論文もさらに徹底的に目的の遺伝子が載っているものを探してみては?いいものが見つかってくるかもしれません。

(無題) 削除/引用
No.72-2 - 2007/08/17 (金) 10:49:28 - 通りすがり

とりあえず自分で作ったのでも論文に書いてあるので
どっちでやってもいいからまずは試しにやってみてください、
やってみてダメならアドバイスとかしようがありますが、
やらずに不安だとかいわれても、対応のしようがないです。

もしもラボの経済的事情で試してみるのが難しいとかの理由があっても
ひとつやふたつぐらい作ってみてダメなことはないでしょう。

>みなさんはどうしていらっしゃいますか?教えてください。
結局みんな不安を抱えながら試してみて、自問自答しながらやっていくのですよ。

real time RT PCRに使うprimerについて 削除/引用
No.72-1 - 2007/08/17 (金) 09:54:15 -
real time RT PCRのprimerについて教えてください。

目的とする蛋白は同じような文献からみつけてきましたが、
内因性コントロール(ratのβ-actin)のprimerが適当なのがみつかりません。

Primer3などを使って自分で作ることもかんがえましたが、
きちんとできるか不安です。

文献をひくといくつかのっているのですが、
intronをはさまないprimerであったり、PCR productが400bpぐらいあったりして、本当に使えるのか不安です。

トップジャーナルにのっているのであれば大丈夫のような気もしますが、
 本に書いてある「Primer の作り方」の条件にはあいません。
 

みなさんはどうしていらっしゃいますか?教えてください。

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