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Western blotでバンドが検出されません トピック削除
No.711-TOPIC - 2008/02/20 (水) 19:33:05 - 08.02.20
いつも参考にさせていただいてます。
現在Human collagen type I の希釈系列を作成しましてWestern blotの検討を行っておりますが、抗体を変えて何度か再実験をしてもバンドが検出されず困っています。dot blotではdotが検出されますが、SDS PAGE→western blotでは検出されません。抗体のdata sheetにもSDS PAGE dinature sample では検出感度が低下するとの記載がありました。そこで native sample(非還元、非SDS下)でWestern blot を行う方法をご存知であれば教えていただけますでしょうか?また、collagenに関してSDS PAGEやWestern blotを行う際の特別な条件やポイントなどありましたら教えていただけると助かります。
 
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No.711-4 - 2008/02/21 (木) 17:09:20 - 名無しさん
コラーゲンはすごく大きいから還元してSDS-PAGEでも3本鎖がようやく150KDaくらいに来たとおもう(分解物は別)。だから、Native PAGEとなると果たしてゲルにちゃんと入って流れるのだろうか?とか思う。論文とかでコラーゲンのWBのってるやつ探していい感じのデータをさがして、どこの抗体でどんな風にやってるのか調べて、その抗体買うのがいいと思う。がんの転移と浸潤に関係あるメタロプロテアーゼ(コラゲナーゼ)とか研究している所ならそういう実験やってると思うから聞いてみるのもいいかも。

(無題) 削除/引用
No.711-3 - 2008/02/21 (木) 09:34:27 - とも
native PAGEはお金があればinvitrogenのシステムがあります。
購入が難しいならJBCの2004年Vol279, p9698-9702をみてください。
詳しく実験方法載っています。
しかしNative PAGEの場合他のタンパクと結合していたらバンドが予想と違うところに出てしまうので気をつけて

(無題) 削除/引用
No.711-2 - 2008/02/20 (水) 20:27:01 - B
>[Re:1] 08.02.20さんは書きました :
> いつも参考にさせていただいてます。
> 現在Human collagen type I の希釈系列を作成しましてWestern blotの検討を行っておりますが、抗体を変えて何度か再実験をしてもバンドが検出されず困っています。dot blotではdotが検出されますが、SDS PAGE→western blotでは検出されません。抗体のdata sheetにもSDS PAGE dinature sample では検出感度が低下するとの記載がありました。そこで native sample(非還元、非SDS下)でWestern blot を行う方法をご存知であれば教えていただけますでしょうか?また、collagenに関してSDS PAGEやWestern blotを行う際の特別な条件やポイントなどありましたら教えていただけると助かります。
>

Native pageのゲルとバッファーにSDSを加えて蛋白質を負に電荷させて
分離しようと改良されたのがSDS-PAGEですからNativePAGEの基本は
SDS-PAGEの試薬からSDSと還元剤を抜いたものになるはずです。研究室
もしくは図書館に「Current Protocol of Molecular Biology」があれば
2つのNativePageのプロトコール、注意点などが載ってますから(10章
だったかと)それを参考にしてください。Blottingについてはもちろん
蛋白質の電荷を元に膜転写しますから目的蛋白質のバッファー中での電荷
を確認する必要があるでしょう。

その前にやってみる価値があるのは還元剤を抜いてSDS-PAGEしてみることです。これだけでも蛋白質の三次構造を認識するモノクローナル抗体の認識が
よくなることがあります。

Western blotでバンドが検出されません 削除/引用
No.711-1 - 2008/02/20 (水) 19:33:05 - 08.02.20
いつも参考にさせていただいてます。
現在Human collagen type I の希釈系列を作成しましてWestern blotの検討を行っておりますが、抗体を変えて何度か再実験をしてもバンドが検出されず困っています。dot blotではdotが検出されますが、SDS PAGE→western blotでは検出されません。抗体のdata sheetにもSDS PAGE dinature sample では検出感度が低下するとの記載がありました。そこで native sample(非還元、非SDS下)でWestern blot を行う方法をご存知であれば教えていただけますでしょうか?また、collagenに関してSDS PAGEやWestern blotを行う際の特別な条件やポイントなどありましたら教えていただけると助かります。

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