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sequence かなり素人です... トピック削除
No.692-TOPIC - 2008/02/15 (金) 18:51:47 - さや
実験を初めてまだ数ヶ月、本当に素人でお恥ずかしいのですが
質問させてください。

助教授の先生からとある塩基配列を特定して欲しいと頼まれました。
7割型配列が分かってはいるものの、BLAST検索で分からない部分がちょこちょこあったため
だと聞きました。

3カ所の配列を読みたいため、プライマーは業者に頼み、6本あります。

そこで実際sequencerにかける前に、PCRをしますよね!?

テンプレートDNA、プライマー、シークエンスバッファー、BIG-DYE,MiliQ水

を加え、それぞれフォワードとリバースで。

そこで質問なんですが...

フォワード、リバースにはプライマーってどういう組み合わせで入れるのですか??

またはフォワードには1つのプライマー、リバースには1つのプライマーしかいれないのですか??

読みたい場所を仮に  A B Cとします。
Aのプライマーを仮に a a'
Bのプライマーを仮に b b'
Cのプライマーを仮に c c'
とすると

Aのフォワードにはaを、リバースにはa'を入れれば良いのですか!?

教えてください!!
 
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(無題) 削除/引用
No.692-4 - 2008/02/15 (金) 22:59:40 - 茄子
今後のことを考えれば、まずは准教授の先生か他の身近な人に、技術的な問題について尋ねることのできる人間関係を構築することが必要だと思います。

本を探した方が早いです。 削除/引用
No.692-3 - 2008/02/15 (金) 21:59:14 - NF
素人なら学生向けの実験本でシーケンスの原理を絵を見て理解する方がいいと思います。もちろん、そうったほ本には反応液の組成や実験方法もわかりやすく載っています。本屋さんで一度探してみてください。

(無題) 削除/引用
No.692-2 - 2008/02/15 (金) 19:18:58 - カナマイシン
1チューブに1プライマーでOKですよ!!
PCRという手法は両端からDNAを増やすため1セット(=2プライマー)必要ですが、
シーケンスは1方向からしか増やしません。
使う機械はPCRと同じサーマルサイクラーですが、技術はPCRではないです。

Web等で"サンガー法"(別名"ジデオキシ法")について調べてみてください。
一例↓
http://ja.wikipedia.org/wiki/DNAシークエンシング

sequence かなり素人です... 削除/引用
No.692-1 - 2008/02/15 (金) 18:51:47 - さや
実験を初めてまだ数ヶ月、本当に素人でお恥ずかしいのですが
質問させてください。

助教授の先生からとある塩基配列を特定して欲しいと頼まれました。
7割型配列が分かってはいるものの、BLAST検索で分からない部分がちょこちょこあったため
だと聞きました。

3カ所の配列を読みたいため、プライマーは業者に頼み、6本あります。

そこで実際sequencerにかける前に、PCRをしますよね!?

テンプレートDNA、プライマー、シークエンスバッファー、BIG-DYE,MiliQ水

を加え、それぞれフォワードとリバースで。

そこで質問なんですが...

フォワード、リバースにはプライマーってどういう組み合わせで入れるのですか??

またはフォワードには1つのプライマー、リバースには1つのプライマーしかいれないのですか??

読みたい場所を仮に  A B Cとします。
Aのプライマーを仮に a a'
Bのプライマーを仮に b b'
Cのプライマーを仮に c c'
とすると

Aのフォワードにはaを、リバースにはa'を入れれば良いのですか!?

教えてください!!

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