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(無題) 削除/引用 No.690-7 - 2008/02/17 (日) 13:34:05 - デボコ >デコンボリューションは球面収差だけを補正してくれるものと思っていたのですが、バックグラウンドのノイズも消えますから、それだけではないのでしょうね。 ええ、デコンボのソフトにはlowpass等のフィルターかけてる場合もありますから、操作がはっきりしたのでないと危ない気がします。 細胞内構造体の場合、raw dataでぼけていても、境界が識別つくのならば、そこで区切ってその範囲内のシグナルを測った方が良いと思いますよ。デコンボしてくっきり見えるようにする意味はあまりないのでは？むしろ単に蛍光強度の分布をプロットして蛍光強度とその頻度分布を比較するだけで、ある構造体が強く光るかどうかは、判定できる場合もあるような気がします。あるいは、図表にするにはSurface plotすると意外と説得力あったりします。 >最適化されたPSFを用意できる（とは思えませんが）ならば、デコンボ後のデータを比較する方が正しいように思えます。 最適化というか、完全にサンプルと同じPSFが撮れるなら良いですが、仰るとおり、細胞内だと場所で屈折率が異なるから、原理的に完全に正確なPSFというのは無理ではないですかね。

(無題) 削除/引用 No.690-6 - 2008/02/17 (日) 10:28:07 - qq >デコンボ前のrawデータを使うのが原則でしょう。 発光源のシグナルを復元することに、deconvolutoinの真価があるのではないかと思います。ですから、最適化されたPSFを用意できる（とは思えませんが）ならば、デコンボ後のデータを比較する方が正しいように思えます。ただし、自分では触って遊ぶ程度です。 現実的にはデブラー程度のPSFを使っている場合が多そうなので、それならrawデータを比較するしかないとも思えます。 >アルゴリズム毎で違い、手持ちのソフトでどうなるか自分で >実際に確認すべき、というところでしょうか。 同感です。

(無題) 削除/引用 No.690-5 - 2008/02/16 (土) 19:50:19 - 蛍光顕微鏡 細胞内の膜構造（オルガネラ）の強度です。 raw dataでは蛍光のボケ（特にz方向）のために近くの別の構造体との境界を判定するのが難しいのです。球面収差で構造体の形が縦伸びして元のデータではやりにくく、デコンボリューション像で測れないかと思っていました。 デコンボリューションは球面収差だけを補正してくれるものと思っていたのですが、バックグラウンドのノイズも消えますから、それだけではないのでしょうね。 アルゴリズム毎で違い、手持ちのソフトでどうなるか自分で実際に確認すべき、というところでしょうか。

(無題) 削除/引用 No.690-4 - 2008/02/16 (土) 12:54:04 - デボコ 一つづつの細胞ごとの蛍光強度なのか、ある構造体の強度なのかで、違ってくると思いますが、デコンボ前のrawデータを使うのが原則でしょう。というか、デコンボの後で比較する理由がよくわからないのですが。

(無題) 削除/引用 No.690-3 - 2008/02/16 (土) 11:53:55 - 蛍光顕微鏡 SVIのHugensで、ライカのTCS-SP5で取った像をデコンボリューションしています。（SP5のソフトのデコンボリューションライセンスがありませんので） コントラストを調整するオプションデコンボリューションの計算のパラメーターのどれに相当するのか、わからないのですが。。。

(無題) 削除/引用 No.690-2 - 2008/02/15 (金) 22:22:57 - qq deconvolution softのoptionに、コントラストを最大化する項目はありませんか？？ deconvolutionのsoftや方法が分からないとレスがつかないかも。

デコンボリューション後の蛍光強度 削除/引用 No.690-1 - 2008/02/15 (金) 16:26:09 - 蛍光顕微鏡 confocalで撮影した蛍光顕微鏡像をデコンボリューションしていますが、デコンボリューション処理後も蛍光強度の直線性は変わらないと考えて良いでしょうか？ コントラストがとても上がるので、一見直線性が無くなってしまっているように見えますが、光の拡散を補正しているだけ（？）なので、蛍光強度の直線性は残っているのだろうと思うのでけれど、ご存じでしたら教えてください。

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